在秋天的七月，首先进行了太庙的祭祀活动。然后，皇帝任命贝勒勒克德浑为平南大将军，与固山额真叶臣等人一同前往江南，接替多铎的职务。为了表示对明太祖的尊重，设置了四名守陵太监，并分配了二千亩的祀田。不久后，明东平侯刘泽清率领他的部下投降了。
在人事方面，刘应宾被任命为安庐巡抚，土国宝为江宁巡抚，而谢弘仪则被派去招抚广西。皇帝还下令，军民在服饰上必须遵守国家的规定。同时，何鸣銮被任命为湖广巡抚，高斗光为偏沅巡抚，潘士良则负责郧阳的抚治工作。皇帝还向上太祖武皇帝、孝慈武皇后、太宗文皇帝在太庙中供奉了玉册玉宝。
为了减轻百姓的负担，皇帝决定免除西安、延安等地的部分税收。同时，西平地区的叛乱首领刘洪被诛杀，汝宁的州县都得以平定。黄河在兖西决堤，但新的月堤被迅速筑起以防止进一步的灾害。
在八月，皇帝又免除了霸、顺义等八个州县的灾害赋税，以及彰德、卫辉、怀庆、河南各府的荒赋。英亲王阿济格在战争结束后回到朝廷，皇帝根据战功赏赐了外藩王、台吉、将佐等人。同时，由于金声桓的投降，他成功讨伐了故明益王，并俘虏并处决了王养正等人。然而，因为阿济格在出征中有过错，他的爵位被降为郡王，谭泰也被削去公爵，降为昂邦章京，而鳌拜等人则受到了不同程度的处罚。
九月，故明鲁王的将领方国安和王之仁侵犯杭州，但被张存仁击退。为了加强江西的防务，皇帝派遣了镇国公傅勒赫、辅国公札喀纳等人率兵前往。随后，故明怀安王投降了清朝。不久后，故明新昌王占据云台山并攻击兴化，但被准塔击败并斩首。为了恢复农业生产，皇帝决定将河间、滦州、遵化的荒地分给八旗耕种，并将故明勋戚内监的余地也分给八旗。最后，田仰侵犯福山，但被土国宝击败。在江西的南昌等地，十一个府都被平定。
十月癸未日，皇帝任命马国柱为宣大总督。戊子日，前明朝的翰林金声接受唐王的命令，在徽州起兵，兵力达到十余万。然而，洪承畴派遣的提督张天禄在绩溪连连击败他们，捕获了金声。金声不屈服，最终被杀害。此时，前明朝的唐王朱聿钊占据福建，鲁王朱彝垓占据浙江，马士英等人则渡过钱塘江结营抗命。庚寅日，皇帝免除了宝坻县的荒赋。壬辰日，又免除了太原等府州的灾赋。癸巳日，豫亲王多铎率军返回，皇帝亲自到南苑迎接并慰劳他。丙申日，任命苗胙土为南赣巡抚。乙巳日，太宗的次女固伦公主下嫁给察哈尔汗子阿布鼐。丙午日，任命申朝纪为山西巡抚，李翔凤为江西巡抚，萧起元为浙江巡抚。戊申日，加封和硕豫亲王多铎为和硕德豫亲王，并赐予随征的王、贝勒、贝子、公以及外藩台吉、章京等人不同等级的金币。同时，命令孔有德、耿仲明返回盛京。
十一月壬子日，任命张存仁为浙闽总督，罗绣锦为湖广四川总督。癸丑日，前明朝的大学士王应熊、四川巡抚龙文光请求投降。甲寅日，任命吴景道为河南巡抚，命令巴山、康喀赖为左右翼，与洪承畴一同驻防江宁，朱玛喇驻防杭州。同时，贝勒勒克德浑率领巩阿岱、叶臣等人讨伐湖广的流贼二只虎等人。己未日，朝鲜国王李倧请求立其次子淏为世子，皇帝准许了。丁卯日，朱玛喇在余杭击败了马士英，和讬在富阳击败了方国安。然而，士英、国安又窥视杭州，但被梅勒章京济席哈等人击退。戊辰日，任命何洛会为定西大将军，派遣巴颜、李国翰率领军队与他会合，讨伐四川的流贼张献忠。戊寅日，任命陈之龙为凤阳巡抚。
十二月己卯朔日，出现了日食现象。乙酉日，前明朝的阁部黄道周侵犯徽州，洪承畴派遣张天禄击败了他。同时，前明朝的总兵高进忠率领其部下从崇明来投降。癸巳日，佟养和、金声桓进兵讨伐福建，并分兵攻打南赣，击败了前明朝的永宁王、罗川王、阁部黄道周等人的数十万大军。丙午日，朝廷更改了朝仪，开始禁止内监朝参。丁未日，朱玛喇等人在浙东击败了方国安、马士英。固原的贼人武大定作乱，总兵官何世元等人战死。
这一年，朝鲜、归化城的土默特部章京古禄格、鄂尔多斯部的喇嘛塔尔尼齐、乌朱穆秦部的车臣亲王、席北部的额尔格讷、喀尔喀部的土谢图汗、古伦迪瓦胡土克图喇嘛、石勒图胡土克图、嘛哈撒马谛塞臣汗、厄鲁特部顾实汗子多尔济达赖巴图鲁台吉以及回回国、天方国都前来进贡。
三年春天的正月戊午日，贝勒勒克德浑派遣将领在临湘击败了流贼，进而攻克了岳州。辛酉日，固山额真阿山、谭泰因为犯罪受到处罚，阿山被免职，谭泰被投入监狱。流贼贺珍、孙守法、胡向化侵犯西安，何洛会等人成功将他们击败。金声桓派遣将领在抚州攻击前明朝的永宁王，俘虏了他和他的儿子朱孳荣等人，于是平定了建昌。丙寅日，前明朝的潞安王、瑞昌王率领军队侵犯江宁，侍郎巴山等人成功将他们击败。戊辰日，任命宋权为国史院大学士。己巳日，任命肃亲王豪格为靖远大将军，率领多罗衍禧郡王罗洛宏、贝勒尼堪、贝子屯齐喀、满达海等人率军征讨四川。前明朝的唐王朱聿钊的军队侵犯徽州，洪承畴派遣张天禄等人将其击败，俘虏了他们的阁部黄道周并将其杀害，进而攻克了开化。
二月己卯日，贝勒勒克德浑在荆州击败了流贼，奉国将军巴布泰等人追击到襄阳，几乎将流 贼全部斩杀。大军进至夷陵，李自成的弟弟李孜等人率领其部众前来投降。辛巳日，免除了密云的荒赋。甲申日，废除了江南旧设的部院，派遣在京的户、兵、工三部满、汉侍郎各一人驻守江宁，分别处理部务。乙酉日，明朝鲁王的将领刘福来援助抚州，但被梅勒章京屯泰击败。 何洛会派遣将领在蒲城击败了流贼刘文炳，流贼首领贺珍逃到武功。戊子日，任命柳寅东为顺天巡抚。皇帝命令肃亲王豪格分兵前往南阳，讨伐流贼二只虎、郝如海等人。丙申日，派遣侍郎巴山、梅勒章京张大猷率军镇守江宁，甲喇章京傅夸蟾、梅勒章京李思忠率军镇守西安。潜山、太湖的贼首石应琏拥立前明朝的樊山王朱常阘作乱，洪承畴派遣将领将其击败并斩杀。丙午日，命令贝勒博洛为征南大将军，同图赖一起率军征讨福建、浙江。
三月辛亥日，翻译完成了《洪武宝训》，并在国内外颁布发行。乙卯日，免除了近京居民因田宅被圈给旗人而另行拨补者的租赋一年。 丁巳日，何洛会在山阳击败了贼军刘体纯。己未日，任命王来用为总督，负责山、陕、四川的粮饷供应，马鸣佩为总督，负责江南诸省的粮储管理。乙丑日，赐予傅以渐等进士及第出身，并根据成绩给予不同等级的官职。己巳日，何洛会在商州击败了贼军二只虎，取得大胜。昌平民王科等人盗掘明帝陵，被捕获并伏诛。壬申日，多罗饶余郡王阿巴泰去世。癸酉日，封乌朱穆秦部的塞冷、蒿齐忒部的薄罗特为贝勒，阿霸垓部的多尔济为贝子。豪格的军队抵达西安，派遣工部尚书兴能在邠州击败了贼军，固山额真杜雷在庆阳也击败了贼军。 前明朝的大学士张四知从江南前来投降。
夏季四月的己卯日，皇帝下诏命令贝勒勒克德浑率军班师回朝，孔有德、耿仲明、尚可喜、沈志祥各自统领他们的部队来到京城。甲申日，免除了钱塘、仁和之间的房屋税。乙酉日，命令在今年的八月再次举行乡试，明年的二月再次举行会试。丁亥日，免除了睢州、祥符等四个州县的灾害税赋。 戊子日，废除了贯耳穿鼻的刑罚。癸巳日，废除了明朝末年增加征收的太平府姑溪桥米税、金柱山商税、安庆府盐税。乙未日，免除了静海、兴济、青县的荒赋。丙申日，江西浮梁、余干的贼军与福建的贼军联合侵犯饶州，副将邓云龙等人成功击败了他们 。戊戌日，摄政王多尔衮下令停止诸王大臣的启本（即呈递奏章）。己亥日，任命张尚为宁夏巡抚，并废除了织造太监的职位。
辛丑日，皇帝下谕旨说：“近来我们废除了明朝末年的横征暴敛和苛捐杂税，让百姓得到休息。但是有些贪腐的官吏，因为担心这些政策会损害他们的利益，就销毁了相关的户籍资料，这导致朝廷的恩德无法深入民间，明朝的弊端也没有得到彻底的整治。因此，我命令大臣们严格审查核实，并命令相关部门详细制定赋役全书，颁行天下。”同时，谕旨还命令淘汰府县的冗员。甲辰日，开始修缮盛京的孔子庙。
五月的丁未日，苏尼特部的腾机思、腾机特、吴班代、多尔济思喀布、蟒悟思、额尔密克、石达等各自率领他们的部落叛逃至喀尔喀部的硕雷。皇帝命令德豫亲王多铎为扬威大将军，同承泽郡王硕塞等人率领军队联合外藩蒙古兵讨伐他们。四子部的温卜、达尔汉卓礼克图、多克新等人追击并斩杀了吴班代等五台吉。 庚戌日，重申了隐匿逃人的法律。戊午日，金声桓攻克了南赣，俘虏了他们的主帅刘广胤。辛酉日，豪格派遣巴颜、李国翰在延安击败了贼军。壬戌日，前明朝的鲁王、荆王、衡王的世子等十一人图谋叛乱，被伏诛。癸亥日，任命叶克书为昂邦章京，镇守盛京。豪格派遣贝勒尼堪等人在鸡头关击败了贼军贺珍，进而攻克了汉中，贺珍逃往西乡。乙丑日，贝勒博洛派遣图赖等人在钱塘击败了前明朝鲁王的将领方国安。鲁王朱彝垓逃往台州保命。庚午日，官军到达汉阴，流贼二只虎逃往四川，孙守法逃往岳科寨。巴颜、李国翰追击延安的贼军至张果老崖并击败了他们。辛未日，免除了沛县、萧县元、二年荒赋的一半。
六月戊寅日，免除了怀柔县的荒赋。丙戌日，禁止了白莲教、大成教、混元教、无为教等邪教。壬辰日，任命高士俊为湖广巡抚。乙未日，张存仁派遣将领擒获了前明朝的大学士马士英和长兴伯吴日生等人，并将他们斩首。