十一年壬子春正月辛未，皇帝陪同太皇太后到赤城汤泉，经过八达岭时，亲自扶着太皇太后的轿子，步行下山。
二月戊寅，皇帝又陪同太皇太后到达汤泉。辛卯，皇帝回到京城。丙申，皇帝亲自去耤田耕作。丁酉，皇帝在东郊举行朝日仪式。戊戌，皇帝再次前往赤城。
三月戊辰，皇帝陪同太皇太后回到宫中。
夏天四月乙巳，皇帝命令侍卫吴丹、学士郭廷祚去巡视河工。
五月乙丑，《世祖实录》完成。丙寅，皇帝出德胜门观看麦子。
六月庚寅，皇帝命令重新修订《赋役全书》。
秋天七月己酉，皇帝根据征讨缅甸、云南、贵州的功绩，给予何建忠等一百二十七人世袭的官职。丙辰，皇帝去观看稻谷。御史孟雄飞上疏说，孙可望在穷途末路时归顺，滥用了王爵的封号。他死后，已经世袭了两次。现在他的孙子孙徵淳死了，应该降低世袭的级别。皇帝下诏降低世袭级别为慕义公。
闰七月，皇帝再次封尚善为贝勒。丁亥，皇帝下诏说，处理案件时不要用严刑峻法轻易杀人，违者将受到惩罚。
八月壬子，皇帝到南苑打猎。癸丑，皇帝下诏说：“帝王治理国家，关键在于维持社会风气，辨别等级和威严。近来官员们的服饰过于奢华，竞相模仿。应该讨论并禁止这种风气。”庚申，皇帝亲自参加经筵。壬戌，皇帝陪同太皇太后到遵化汤泉。甲子，皇帝检阅蓟州官兵的射箭技术。丁卯，皇帝拜谒孝陵。
九月丁丑，皇帝检阅遵化兵和三屯营兵。
冬天十月甲辰，皇帝陪同太皇太后回到宫中。壬子，皇帝任命范承谟为福建总督。
十一月辛丑，皇帝到南苑，并建造了行宫。
十二月丁未，裕亲王福全、庄亲王博果铎、惠郡王博翁果诺、温郡王孟峨都上疏请求辞去议政的职务，皇帝同意了他们的请求。戊午，皇帝召集讲官并告诉他们：“有人请求让言官根据传闻来发表意见。我认为真正切中要害的话，是怕它们不多。如果借题生事，诽谤扰乱，那就会深深地危害政务。让百姓休养生息，关键在于不骚扰他们。消耗元气，就会让百姓生活困苦。”己未，康亲王杰书、安亲王岳乐都上疏请求辞去议政的职务，但皇帝没有同意。庚午，皇帝在太庙举行合祭。
这一年，皇帝免除了直隶、江南、浙江、山东、山西、河南、湖广等省的一百四十一州县卫的灾害赋税，并根据情况有所减免。朝鲜也向清朝进贡。
十二年癸丑春正月庚寅，皇帝到南苑，进行大阅兵。
二月辛亥，任命吴正治为左都御史。壬子，皇帝亲自参加经筵，并命令讲官每日轮流值班。戊辰，皇帝赐给八旗官学翻译《大学衍义》。
三月丁丑，皇帝去查看麦子。壬午，平南王尚可喜请求退休，皇帝同意了；他请求让他的儿子尚之信继承他的封号和镇守广东的职务，但皇帝没有同意，命令他撤除藩位回到辽东。癸巳，皇帝赐给韩菼等一百六十六人进士及第或出身，并有所区别。
夏天四月丁巳，皇帝派官员去封暹罗国王。
五月壬申，学士傅达礼等人请求在夏至这一天停止讲经。皇帝说：“学问之道，应该不间断。所以不要停止。”
六月壬寅，起用张朝珍为湖广巡抚，李之芳为浙江总督。丁未，皇帝在瀛台宴请群臣，并让他们观赏荷花。乙卯，禁止八旗以奴仆殉葬。
秋天七月庚午，平西王吴三桂上疏请求撤除藩位。皇帝同意了。丙子，继位的靖南王耿精忠也上疏请求撤除藩位。皇帝也同意了。壬午，皇帝命令重修太宗实录。
八月丁未，在保和殿对汉科道官进行考试，不称职的官员被罢免。壬子，皇帝派遣侍郎折尔肯、学士傅达礼前往云南，尚书梁清标前往广东，侍郎陈一炳前往福建，去处理撤藩的事务。丁巳，皇帝谕令礼部：“祭祀大典，必须仪文详细完备，才能昭告天地。请你们根据古典礼仪酌情商议后上报。”
九月戊辰，礼部尚书龚鼎孳请求退休，皇帝同意了。乙亥，京城发生地震，皇帝下诏要求官员们进行反省。
冬天十月壬寅，任命王之鼎为京口将军。己酉，皇帝到南苑打猎。
十一月丁卯，前明宗室朱议潀因为蓄发被判处死刑。但皇帝下旨免其死罪，将他编入旗籍，并给他妻子和房屋。庚午，皇帝下诏让民间开垦荒地，并从第十年开始征税。
十二月壬子，任命姚文然为左都御史。吴三桂反叛，杀了云南巡抚朱国治，贵州提督李本深、巡抚曹申吉都投降了叛军，总督甘文焜则战死。丙辰，反叛的消息传到京城，皇帝命令前锋统领硕岱率领禁军守卫荆州。丁巳，召回梁清标、陈一炳，停止撤除两藩的命令。并命令加封孙延龄为抚蛮将军，线国安为都统，镇守广西。还命令西安将军瓦尔喀进军守卫四川。京城有个叫杨起隆的平民伪称自己是朱三太子，企图起事。事情被发现后，杨起隆逃跑了，但他的同党被逮捕并诛杀。皇帝下诏说奸民作乱已经被平定，不要牵连无辜，民众也不要惊惶逃避。己未，皇帝任命顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，去讨伐吴三桂。并将吴三桂的儿子、额驸吴应熊逮捕入狱。庚申，皇帝命令副都统马哈达率兵驻守兖州，扩尔坤驻守太原，以备调遣。辛酉，皇帝命令各省巡抚仍兼管军务。壬戌，皇帝下诏削去吴三桂的爵位，并公告中外。还命令都统赫业为安西将军，会同瓦尔喀守卫汉中。任命倭内为奉天将军。吴三桂攻陷了辰州。甲子，皇帝在太庙举行合祭。
这一年，皇帝免除了直隶、山东、安徽、浙江、湖广等省的二十六州县卫的灾害赋税，并根据情况有所减免。朝鲜和安南都向清朝进贡。
在十三年甲寅的春天正月乙亥日，勒尔锦率领的军队开始行动。庚辰日，吴三桂攻陷了沅州。丁亥日，偏沅巡抚卢震放弃了长沙并逃跑。己丑日，朝廷命令提督佟国瑶守卫郧阳。总兵吴之茂以四川为根据地反叛，巡抚罗森、提督郑蛟麟都投降了他。朝廷命令总兵徐治都回到夷陵防守。庚寅日，世祖的第七子隆禧被封为纯亲王。任命席卜臣为镇西将军，守卫西安。
二月乙未日，是农历的初一，太皇太后颁发了内帑（皇宫中的财物）来犒劳军队。丁酉日，钦天监新制造的仪象（天文仪器）完成。壬寅日，敌人侵犯澧州，守城的士兵以城池为条件叛变，提督桑峨退到荆州，常德陷落。朝廷命令镇南将军尼雅翰率领军队守卫武昌。癸丑日，皇上亲自到经筵（皇帝讲读经史之处）听讲。任命赵赖为贵州提督。甲寅日，吴三桂攻陷长沙，副将黄正卿叛变响应他，并旁及衡州。朝廷命令都统觉罗朱满守卫岳州，但他还未到达，岳州就已经失守了。辛酉日，朝廷命令刑部尚书莫洛加大学士衔，担任陕西的经略使。孙延龄在广西反叛，杀害了都统王永年，并抓住巡抚马雄镇囚禁起来。
三月乙丑日，朝廷命令整顿驿站，每四百里设置一名笔帖式（负责文书工作的官员），用来传递军报和探听消息。命令左都御史多诺等人到军队前线监督军饷的发放。戊辰日，吴三桂的军队要侵犯夷陵，勒尔锦派遣军队击败了他们。庚午日，朝廷任命额驸华善为安南将军，镇守京口。庚辰日，耿精忠反叛，抓住了福建总督范承谟并囚禁了他，巡抚刘秉政投降了敌人。癸未日，郧阳副将洪福反叛，提督佟国瑶击败了他。 壬辰日，襄阳总兵杨来嘉在谷城反叛。朝廷任命希尔根为定南将军，尚书哈尔哈齐为他的副手。命令舒恕、桑遏、根特、席布等人率领军队前往江西。甲午日，西安将军瓦尔喀攻占了阳平关。
夏季四月癸卯日，朝廷调遣西安副都统德业立去守卫襄阳。丁未日，吴三桂的儿子应熊和孙子世霖被处决。起初，吴三桂仓促起兵，但名义并不明确，中途有些后悔。到达澧州时，他犹豫不决。到了这时，正在吃饭时听到这个消息，他惊讶地说：“皇上这么年轻就这么能干了吗？事情已经决定了！”他推开食物站了起来。朝廷下诏削去孙延龄的官职。任命阿密达为扬威将军，驻守江宁，赖塔为平南将军，前往杭州。甲寅日，潮州总兵刘进忠以城池为条件反叛。戊午日，朝廷任命根特为平寇将军，前往广西讨伐孙延龄。河北总兵蔡禄策划反叛，朝廷命令阿密达袭击并诛杀了他。辛酉日，朝廷下诏削去耿精忠的爵位。癸亥日，朝廷下诏将禁军分调、将领分防的情形告知平南王尚可喜。
五月丙寅日，皇子胤礽出生，皇后赫舍里氏逝世。戊寅日，安西将军赫业等人在劄阁堡击败了吴之茂，收复了朝天关。壬午日，浙江平阳发生兵变，士兵抓住了总兵蔡朝佐，响应耿精忠的将领曾养性，包围了瑞安。朝廷命令赖塔进军讨伐他们。壬辰日，副都统德业立在武当山击败了洪福。
六月丙午日，朝廷任命贝勒尚善为安远靖寇大将军，率领军队前往岳州，贝子准达前往荆州。庚戌日，总兵祖弘勋在温州反叛。金华副将牟大寅在常山击败了耿精忠的将领。壬子日，朝廷命令将军喇哈达防守杭州。乙卯日，朝廷任命康亲王杰书为奉命大将军前往浙江，贝勒洞鄂为定西大将军前往四川。浙江温州、黄岩、太平等地的军营相继反叛。朝廷命令喇哈达防守台州、宁波。
七月辛未日，朝廷任命郎廷佐为福建总督，段应举为提督。癸酉日，赖塔在金华击败了耿精忠的将领。当时，耿精忠派遣他的大将马九玉、曾养性侵犯浙江，白显忠侵犯江西，所到之处土匪纷纷响应，江西尤其严重。南瑞总兵杨富响应敌人，董卫国诛杀了他。丁亥日，贝勒察尼在岳州七里山与敌将吴应麒展开大战，并击败了他。
八月壬寅日，平寇将军根特在军中去世，朝廷任命哈尔哈齐代替他。海澄公黄梧去世，他的儿子黄芳度继承了他的爵位，守卫漳州。乙巳日，金光祖报告说孙延龄攻陷了梧州，他率兵收复了梧州。丙午日，皇上前往南苑。
九月壬戌日，皇上亲自到经筵听讲，并命令每天如常进讲。耿精忠计划利用土寇攻陷清溪、徽州，江宁将军额楚、统领巴尔堪击退了他们，连续作战进入江西，收复了乐平等县。朝廷命令硕塔等人驻守安庆。辛未日，麻城的土寇邹君升等人作乱，知府于成龙讨伐并平定了他们。朝廷任命简亲王喇布为扬威大将军，率领军队前往江西，侍卫坤为振武将军作为他的副手。广西提督马雄反叛，朝廷任命安亲王岳乐为定远平寇大将军，率领军队前往广东，宗室瓦山、觉罗画特作为他的副手。
冬季十月壬辰日，喇布的军队开始行动。丙申日，岳乐的军队开始行动。壬寅日，皇上奉太皇太后到南苑。辛亥日，返回皇宫。
十一月庚申日，是农历的初一，莫洛报告说吴之茂的军队进入朝天关，粮道受阻，洞鄂退守西安。朝廷命令将西安的军队调到汉中防守，河南的军队调到西安防守。
十二月庚寅日，是农历的初一，杰书在衢州大败曾养性，又在台州击败了他。王辅臣反叛，经略莫洛战死。皇上打算亲自出征。但王大臣们认为京师是根本重地，太皇太后年事已高，力劝皇上不要出征，皇上才作罢。朝廷征调盛京兵、蒙古兵分别前往前线。丁未日，朝廷命令尚可喜节制广东的军事。戊午日，朝廷举行了太庙的合祭大典。
这一年，朝廷免除了直隶、江南、山东、河南、陕西等省七十八个州县的灾赋，减免的额度有所不同。朝鲜、琉球进贡。