三月癸丑日，朝廷决定减少大兴、宛平门的厂房税。辛酉日，给大行皇后定谥号为“孝惠仁宪端懿纯德顺天翊圣章皇后”。丙寅日，任命颜寿为右卫将军，黄秉钺为福州将军。戊辰日，裁撤了起居注官这一职位。经过甄别，发现丛澍等七名学政不称职，于是都罢免了他们的职务。丁丑日，命令浙江南北新关税交由同知管理。戊寅日，浙江巡抚朱轼请求修复海宁石塘，朝廷同意了他的请求。
四月乙酉日，孝惠章皇后被安葬在孝东陵。丁亥日，朝廷赐给汪应铨等一百七十一人进士及第出身，并给予了他们不同的待遇。辛卯日，皇帝去了热河。穆和伦被免职，孙渣齐被任命为户部尚书。
五月癸丑日，任命徐元梦为工部尚书。丁巳日，额伦特奏报说拉藏汗被敌人围攻身亡，他的两个儿子也被杀，达赖、班禅都被拘禁。己未日，浙江福建总督满保上疏称台湾有一郡有九处非常重要的口岸，十五处次重要的口岸，建议派人修筑，并酌情调动官员，设立淡水营守备。朝廷同意了他的建议。
六月壬辰日，朝廷派遣使者册封琉球故王的曾孙尚敬为中山王。己丑日，大学士李光地去世，皇帝命令皇五子恒亲王胤祺前往祭奠，并赐给李光地家人一千两银子，同时命徐元梦回京协助处理丧事，赐予李光地谥号“文贞”。丁未日，朝廷赐给哈密军士四百套衣服。
七月己未日，打箭炉外的墨里喇嘛归附朝廷。甲戌日，朝廷开始修编《省方盛典》。
八月壬子日，索伦地区发生水灾，朝廷派遣官员前往赈灾。孟光祖因犯罪被处死。戊子日，皇帝去行围打猎。甲午日，礼部尚书吞珠去世，朝廷赐予他祭葬，并赐予谥号“恪敏”。总兵官仇机因犯罪被处死。
闰八月戊辰日，皇帝下诏说：“由于西部边疆的敌人不断骚扰，朝廷派遣大军远驻西边，这导致陕西、甘肃等地的百姓承担了繁重的征缮任务，非常辛苦。因此，决定免除陕西、甘肃两地明年的地丁粮税，并免除历年拖欠的赋税。”
九月己卯日，朝廷命令都统阿尔纳、总兵李耀率领军队前往噶斯口、柴旦木驻防。丙戌日，任命王顼龄为大学士，陈元龙为工部尚书。甲辰日，皇帝回到京城。将军额伦特、侍卫色楞在喀喇乌苏会师，多次击败敌人，但敌人不断进逼，由于没有后续部队支援，他们奋力抵抗，最终战死沙场。
十月甲寅日，朝廷决定停止本年的决囚。丙辰日，任命皇十四子贝子胤禵为抚远大将军，前往青海视察军情。同时命令为殉难的总督甘文焜、知府黄庭柏建立祠堂进行祭祀。甲子日，朝廷下诏称四川巡抚年羹尧在军兴以来办事明敏，因此提升他为总督。同时命令翰林、科道官员轮流入宫值班。戊辰日，皇帝驻跸汤泉。同时命令皇七子胤佑、皇十子胤蓪、皇十二子胤祹分别管理正黄、正白、正蓝满、蒙、汉三旗事务。
十一月丙子日，皇帝回到申昜春园居住。福建巡抚陈瑸去世，朝廷追赠他为礼部尚书，并赐予谥号“清端”。同时任命宜兆熊为汉军都统。
十二月丙辰日，皇帝前往祭拜陵墓。己未日，孝惠章皇后被升祔到太庙中，她的位置在孝康章皇后的左边，朝廷颁布诏书通告 天下。同时云南撒甸的苗人归顺朝廷。己巳日，皇帝回到宫中。
这一年，朝廷免除了江南、福建、甘肃、湖广等省二十六州县卫的灾赋，并根据受灾情况给予不同的减免。同时朝鲜、琉球、安南等国家向朝廷进贡。
康熙五十九年庚子春正月丁酉日，皇帝命令抚远大将军胤禵转移军队到穆鲁斯乌苏。同时，任命宗室延信为平逆将军，率领军队进入西藏，并让公策旺诺尔布参与军事谋划。此外，西安将军宗查木被命令驻守在西宁，平郡王讷尔素则驻守古木。
二月甲辰日，皇帝巡视京郊。癸丑日，皇帝任命噶尔弼为定西将军，率领四川、云南的军队进入西藏，并册封新胡毕勒罕为六世达赖喇嘛。辛酉日，皇帝返回并驻留在申昜春园。
三月己丑日，皇帝命令云南提督张谷贞驻防丽江、中甸。丙申日，命令靖逆将军富宁安进军乌鲁木齐，散秩大臣阿喇衲进军吐鲁番，祁里德率领七千士兵从布娄尔出发，傅尔丹率领八千士兵从布拉罕出发，同时进攻准噶尔。
夏季四月戊申日，皇帝巡视热河。
五月辛巳日，因为旱灾，皇帝征求建议。壬午日，下了雨。
六月己亥日，陕西遭遇饥荒，皇帝命令从河南运送粮食去赈灾。丙辰日，保安、怀来发生地震，皇帝派遣官员去赈灾。
秋季七月丙寅朔日，出现了日食。癸酉日，富宁安在阿克塔斯、伊尔布尔和韶两地击败敌军，并擒获了他们的台吉垂木拍尔。阿喇衲的军队到达齐克塔木时遭遇敌军，成功击败他们，并俘虏了全部敌军。之后，他们继续进攻皮禅城，并使其投降。当军队到达吐鲁番时，当地的首领阿克苏尔坦率领部众投降。丙戌日，傅尔丹在格尔厄尔格击败敌军，斩获六百人，并活捉了寨桑贝肯，焚毁了他们的积聚后返回，贝肯被送到京城。祁里德在铿额尔河击败敌军，并使其寨桑色布腾等二千余人投降。
八月戊戌日，皇帝进行狩猎。庚子日，琉球请求让其陪臣的子弟进入国子监读书，皇帝答应了。癸丑日，平逆将军延信在卜克河连续击败敌军。丁巳日，又在绰马喇击败敌军，敌军将领策零敦多布逃跑。定西将军噶尔弼率领副将岳钟琪从拉里进军。戊午日，攻克西藏，逮捕了一百多名依附敌军的喇嘛，斩杀了他们的五个头目，安抚了唐古特、土伯特人，西藏得以平定。皇帝任命高其倬为广西巡抚。
九月壬申日，平逆将军延信用军队护送达赖喇嘛进入西藏坐床。富宁安的军队进入乌鲁木齐，哈西哈回人投降，军队返回至乌兰乌苏。戊寅日，因为云贵总督蒋陈锡、巡抚甘国璧的军粮供应延误，他们被免职，但仍被命令运送粮食进入西藏。
冬季十月癸卯日，皇帝返回京城。他下诏再次从河南运送粮食到陕西赈灾。第二年，河南的漕粮将按数量补还仓谷，其余的漕粮将留在河南。甲辰日，朝鲜国王李焞去世。皇帝下诏说：“李焞袭封五十年，恭敬地奉行藩国的职责，慈爱地治理民众。现在听说他去世，我深感悲痛，立即命令他的儿子李昀继承王位。他进贡的物品全部带回，并查询抚恤的典礼具体上奏。”皇帝还下诏蠲免陕西、甘肃两省康熙六十年的地丁银一百八十八万两零，并预先发放本年的军饷以应对兵力拮据的情况。同时，他还赏赐了进藏的官兵。甲寅日，户部尚书赵申乔去世，皇帝赐予他祭葬，并谥号恭毅。丁巳日，皇帝命令抚远大将军胤禵商议明年的军事行动。戊午日，因为陕西、甘肃歉收，皇帝命令同时用银两和粮食进行赈灾，直到麦收为止。
在十一月辛未这一天，朝廷派遣官员去朝鲜，为朝鲜国王李焞举行祭祀，并特别赐予他“僖顺”的谥号，同时册封世子李昀为朝鲜国王。戊寅日，任命田从典为户部尚书，朱轼为左都御史，杨名时为云南巡抚。辛巳日，皇帝下诏说：“大军进入西藏，这些地方都并入我们的版图，山川的名称和番汉之间的差异，应立即考证核实，传给后世。”皇帝因此与大学士们讨论了黄河源头、长江源头，以及《禹贡》中提到的三危山。庚寅日，任命隆科多为理藩院尚书，并继续兼任步军统领。
十二月的甲辰日，朝廷大臣再次请求举行六十年大庆的庆祝礼，但皇帝没有允许。壬子日，皇帝赐予先贤子夏的后裔五经博士的职位。甲寅日，皇帝封诚亲王胤祉的儿子弘晟、恒亲王胤祺的儿子弘升为世子。辛酉日，皇帝在太庙举行了合祭仪式。
这一年，皇帝免除了直隶、江苏、陕西、浙江、四川等省五十六个州县卫的灾害赋税，并根据灾情的不同给予差别减免。同时，朝鲜和琉球都派使臣进贡。
六十年辛丑年的春天正月乙亥日，因为皇帝登基已经六十年，皇帝派遣皇四子胤禛、皇十二子胤祹、世子弘晟去祭祀永陵、福陵、昭陵。
二月乙未日，皇帝亲自去孝庄山陵、孝陵、孝东陵进行告祭，并派遣官员去郊外和宗庙社稷进行告祭。乙卯日，皇帝返回京城。山东的盐徒王美公等人作乱，被捕获并处斩。己未日，皇帝命令公策旺诺尔布驻防西藏。并因取藏之功，封第巴阿尔布巴、康济鼐为贝子，第巴隆布奈为辅国公。
三月乙丑日，群臣请求为皇帝上万寿节的尊号，但皇帝不同意，说：“加尊号只是沿袭的陋习，不过是将字面上的东西转换一下，用来欺骗那些不学习的君主罢了。我们朝廷的家法，只以爱民为事，不以景星、庆云、芝草、甘露为祥瑞，也没有封禅改元之举。现在西陲用兵，士兵们长期在外，百姓们因转运军粮而受苦。我正忙于自我反省和筹划国家大事，哪里还有什么值得庆贺的呢？”庚午日，皇帝赐予举人王兰生、留保进士的身份，并让他们一同参加殿试。甲戌日，之前，大学士王掞秘密上疏请求恢复太子地位。到了这时，御史陶彝、任坪、范长发、邹图云、陈嘉猷、王允晋、李允符、范允、高玢、高怡、赵成簁、孙绍曾等人也上疏请求建储，皇帝不高兴，严厉责备了王掞，并命令他的儿子詹事王奕清以及陶彝等十二人去军前效力，担任额外章京。
四月甲午日，皇帝任命李麟为固原提督。乙未日，赐予邓钟岳等一百六十三人进士及第或出身的身份，并根据他们的表现有所区别。丙申日，皇帝下诏重新确定历代帝王庙的祭祀典章。丁酉日，皇帝命令张鹏翮、陈鹏年去山东巡视黄河。并任命赖都为礼部尚书，托赖为刑部尚书。丙午日，皇帝前往热河。戊午日，皇帝命令定西将军噶尔弼驻防西藏。
五月壬戌日，皇帝命令抚远大将军胤禵移师甘州。丙寅日，台湾奸民朱一贵作乱，杀害了总兵官欧阳凯。癸酉日，皇帝任命署参将管永宁协副将岳钟琪为四川提督。乙亥日，皇帝下令将思明土州改为归属广西太平府。戊寅日，皇帝下诏停止本年的进兵计划。并任命常授为理藩院额外侍郎，在西宁办事。乙酉日，皇帝任命年羹尧为四川陕西总督，并赐予他弓矢。并下拨国库金五十万两赈济山西、陕西的灾民，命令朱轼、卢询负责此事。