夏季四月的乙丑日，朝廷免除了沈丘和怀庆卫上一年的灾赋。丁丑日，尼思哈被进封为和硕敬谨亲王，齐克新被进封为和硕端重亲王。癸未日，皇帝下诏修订太祖、太宗的圣训。
五月乙酉日，任命图海兼任刑部尚书。辛卯日，和硕郑亲王济尔哈朗去世，朝廷为他停止朝会七日以示哀悼。丁酉日，任命石廷柱为镇海将军，驻防在京口。戊戌日，任命胡沙为镶黄旗固山额真。庚子日，任命觉罗巴哈纳为弘文院大学士。辛丑日，灵丘县发生了有声地震。乙巳日，任命觉罗郎球为户部尚书。丙午日，任命李际期为兵部尚书。丁未日，任命恩格德为礼部尚书。己酉日，任命卫周祚为工部尚书。
六月甲寅日，朝廷免除了杭州、宁波、金华、衢州、台州的灾赋。丁卯日，皇帝下谕说：“朕阅读法司的章奏，发现每天被处决的囚犯有五、六人，有时甚至十余人。想到这些愚昧的民众，在战乱和灾害之后，又陷入了法网，真是令人深感同情。在虞舜的时代，民众几乎不会犯法被官府处罚。 汉文帝、唐太宗也几乎达到了废除刑罚的境界。如今犯法的人日益增多，难道是因为风俗日益败坏吗？还是朝廷的德教未能普及，或者审理案件的人有错误判罚的情况？今后法司在审判时要明察慎用刑罚，务必做到公正公平。”戊辰日，免除了房山县上一年的灾赋。 桂王将领刘文秀侵犯常德，并派遣他的党羽侵犯岳州、武昌，但被官军击退。己卯日，封博果铎为和硕庄亲王。辛巳日，命令内十三衙门立起铁牌。皇帝下谕说：“中官的设置，自古以来都没有废除过。但如果任用不当，就会引发祸乱。比如明朝的王振、汪直、曹吉祥、刘瑾、魏忠贤等人，他们专权擅政，陷害忠良，外出镇守兵权，祸害边境，煽动党羽颂扬自己的功劳，图谋不轨，最终都遭到了失败，这是深刻的教训。朕已经明确裁定了内官的职责，法制非常明确。如果发现有窃权纳贿、结交官员、越权奏事的行为，将处以凌迟处死。 特设立铁牌，让后世遵守。”
秋季七月初一癸未日，发生了日食现象。壬辰日，朝廷再次派遣廷臣去体恤并减轻刑罚。辛亥日，命令各省绘制并呈进舆图。
八月丙辰日，朝廷免除了灵丘县的灾赋。癸亥日，任命阿尔津为宁南靖寇大将军，与卓罗一同驻防荆州，祖泽润驻防长沙。乙丑日，任命多罗安郡王岳乐为左宗正，贝勒杜兰为右宗正。癸酉日，皇帝下谕说：“京城周边地区是国家的根本，但近来因为运河决口，官员们提议征收拖欠的赋税。我考虑到京城周边地区水旱灾害接连不断，人民已经遭受了很大的苦难，如果再加上旧税，他们怎么能够承受得了。因此，我决定全部免除这些税收。至于修复工程的费用，我们再另行筹划。”同时，免除了曹、城武等七个州县以及临清卫、齐河屯上一年的灾赋。
九月癸未日，朝廷免除了凤阳的灾赋。壬寅日，确定武会试的合格者将参加殿试，与文进士的选拔方式相同。朱玛喇、敦拜两位将领从战场返回。丙午日，皇帝颁布了御制的《资政要览》、《范行恒言》、《劝善要言》、《儆心录》等书籍，每位异姓公爵以下、文官三品以上的官员都获得了一部。戊申日，免除了两当、宁远两个县的灾赋。
冬季十月初一辛亥日，朝廷设立了尚宝司官。壬子日，免除了蔚州以及阳和、阳高二卫的灾赋。己未日，免除了甘州、肃州、凉州、西宁的灾赋。辛酉日，皇帝下令每年六月审理囚犯案件，七月复审，并作为法令颁布。癸亥日，免除了磁、获嘉等八个州县的灾赋。甲子日，免除了隆平十一年以前的拖欠赋税以及淄川等八个县的灾赋。 丙寅日，免除了宣府、大同的灾赋。戊辰日，皇帝下诏说：“帝王以德行来教化民众，以刑罚来辅助治理。如果法律条例的轻重失当，官吏们就会玩弄法律条文，随意出入，那么政治公平和诉讼合理又怎么可能实现呢？朕审阅了司法案件的奏章，发现引用的法律条例常常不尽人意。因此，将现行的法律条例呈交上来，朕将亲自审阅并进行修改。”辛未日，任命祝世允为镶红旗满洲固山额真。癸酉日，任命孙廷铨为兵部尚书。乙亥日，开始修撰玉牒（皇家谱牒）。丙子日，龚鼎孳因罪被免职。
十一月壬午日，免除了滨、堂邑等十三个州县的灾赋。癸未日，郑成功的将领侵犯舟山。乙酉日，巡按御史顾仁因受贿被处决。丁亥日，皇帝下谕说：“国家设立督抚巡按，是为了振兴纲纪，剔除弊端，揭露奸恶，并使他们相互监察。然而近来却出现了彼此包庇的积习。他们只纠察一些低级官员，这怎么符合设立这些官职的初衷呢？今后如有徇私舞弊、包庇纵容的行为，将一并追究其罪责。”郑成功的将领陷落了舟山，副将把成功投降了敌人。戊子日，皇帝驾临南苑。免除了郧阳、襄阳的拖欠赋税以及汲、淇、胙城等县的灾赋。戊申日，免除了临漳的灾赋。
十二月丙辰日，免除了耀州、同官、雒南的灾赋。癸亥日，免除了安吉、仁和等十个州县以及宣化八个卫的灾赋。乙丑日，颁布了《大清满字律》。免除了临清、齐河等十个州县以及东昌卫的灾赋。丙寅日，于时跃、祖泽远平定了九团两都瑶、僮的一百九十二个寨子。己巳日，多罗敏郡王勒度去世。癸酉日，免除了涿、庆云等三十三个州县以及永平卫的灾赋。甲戌日，任命宜尔德为宁海大将军，讨伐舟山的敌人。任命秦世祯为安徽巡抚，兼任提督操江，陈应泰为浙江巡抚，白如梅为山西巡抚。免除了临海等十八个县，祥符、兰阳两个县以及怀庆、群牧两个卫的灾赋。
同年，喀尔喀部的额尔德尼诺穆齐台吉、门章墨尔根楚虎尔台吉、伊世希布额尔德尼台吉、额尔克戴青台吉等前来朝见。朝鲜，喀尔喀部的毕席勒尔图汗、俄木布额尔德尼、泽卜尊丹巴胡土克图、丹津喇嘛、车臣汗、土谢图汗、土谢图汗下的喇嘛塔尔达尔汉诺颜，厄鲁特部的杜喇尔浑津台吉、都喇尔浑津阿里录克三拖因、阿巴赖诺颜、鄂齐尔图台吉、噶尔丹霸，索伦部的马鲁凯，讷墨礼河的头目伊库达，黑龙江的头目库拜，班禅胡土克图，以及俄罗斯察干汗都派遣使者前来进贡。朝鲜的使者还来了三次。厄鲁特部的阿巴赖、鄂齐尔图台吉也再次前来。
十三年春季正月初一庚辰日，皇帝驾临南苑。癸未日，皇帝下谕修撰《通鉴全书》和《孝经衍义》。丙申日，免除了汉中、凤翔、西安上年度的灾赋。己亥日，郑成功的将领侵犯台州，副将马信以城投降，归顺了敌人。庚子日，免除了广德上年度的灾赋的十分之一。甲辰日，免除了富阳等六个县上年度的灾赋。乙巳日，免除了江西八年的拖欠赋税。
二月戊午日，免除了荆州、安陆、常德、武昌、黄州上年度的灾赋。庚申日，免除了广平上年度的灾赋。丙寅日，免除了岢岚、五台上年度的灾赋。戊辰日，命令两广总督移驻梧州。官军在南宁击败了李定国。庚午日，确定了部院满官三年考满、六年京察的例规。任命李率泰为浙闽总督，王国光为两广总督。甲戌日，任命赵布泰为镶黄旗固山额真。丙子日，皇帝驾临南苑，举行射箭比赛。免除了东平、濮、长山上年度的灾赋。己卯日，大学士冯铨退休。
三月庚辰日，皇帝驾临瀛台。癸未日，免除了景陵等九个县上年度的灾赋。癸巳日，任命费雅思哈为议政大臣，马之先为川陕三边总督。乙未日，陈之遴有罪，被以原官发配到盛京闲置。癸卯日，皇帝下谕说：“朝廷选拔贤能之人并无地域之分，近来虽然罢免谴责了很多南方人，但都是根据他们的罪行进行处理的，并非有偏袒或排斥。各位大臣不要因地域而有所歧视，不要拉帮结派，不要因私愤而诬告，不要因猜疑而苛责，才能恢复政治清明。”丙午日，皇帝下谕说：“朕亲政以来，日夜勤勉，期望能够光耀祖宗的德行，早日实现太平盛世，以符合天意，使百姓安居乐业。当睿王摄政时，排斥忠良任用奸邪，百姓怨声载道，期盼朕亲政。然而现在却出现了冬雷春雪、陨石雨土等异象，各地纷纷上报。六年来，虽然未能实现太平，但灾异却时常发生。这是朕对不起百姓的地方。因此朕内心恐惧不安，希望向上帝和祖宗昭告，切实反省戒惧，有关部门要随时上报情况。”