同年，朝鲜、琉球、喀尔喀部的土谢图汗下的索诺额尔德尼和额尔德尼哈谈巴图鲁、厄鲁特部的顾实汗和顾实汗下台吉诺穆齐、索伦部的巴达克图、富喇村宜库达、黑龙江的乌默忒、额尔多科，以及乌思藏的达赖喇嘛都前来进贡。朝鲜再次前来进贡。
十一年春天正月辛丑这一天，废除了织造官这一职位。 戊申这一天，免除了江宁、安徽、苏州、松江、常州、镇江、庐州、凤阳、淮安、徐州、滁州去年因灾害而拖欠的赋税。己酉这一天，任命袁廓宇为偏沅巡抚，胡全才负责抚治郧阳。庚戌这一天，广东仁化月峒的贼寇被平定。癸丑这一天，郑成功侵犯崇明、靖江、泰兴，官军将其击退。甲寅这一天，任命金砺为川陕三边总督。乙卯这一天，郑成功侵犯金山。丁巳这一天，免除了顺德、广平、大名、天津、蓟州去年因灾害而拖欠的赋税。辛酉这一天，官军在桃源打击贼寇，诛杀了伪总兵李阳春等人。
二月癸亥这一天，皇帝在东郊举行朝日仪式。丙寅这一天，皇帝下谕说：“言官是朝廷的耳目，朕多次寻求直言，期望能得到真诚的建议。但每次阅读奏章，发现真心为国家考虑的少，结党营私的多，朕非常不认同。希望他们洗涤心灵，以新的政治态度为朝廷服务。”任命金之俊为国史院大学士。庚午这一天，对直省的督抚进行了甄别，根据他们的表现进行了升降。 丙子这一天，皇帝开始亲自耕种耤田（古代帝王亲耕之田）。戊寅这一天，免除了江西因缺额而拖欠的丁赋。辛巳这一天，命令尚可喜专门镇守广东，耿继茂移驻桂林。壬午这一天，任命马鸣佩为宣大山西总督，耿焞为山东巡抚，陈应泰为山西巡抚，林天擎为湖 广巡抚，黄图安为宁夏巡抚。癸未这一天，官军收复了平远县。甲申这一天，皇帝下谕说：“近年来，战乱未息，加上水旱灾害频发，百姓生活艰难，而有关官员又未能妥善安抚，导致百姓流离失所。朕深感痛心，夜不能寐。应立即核查国库储备，尽快进行赈济和安抚。”己丑这一天，免除了河南州县卫所十年因灾害而拖欠的赋税。庚寅这一天，任命李荫祖为直隶山东河南总督。
三月壬辰这一天，官军攻击桂东的贼寇，擒获了他们的首领赖龙。戊戌这一天，免除了湖广地区的襄阳、黄州、常德、岳州、永州、荆州、德安以及辰、常、襄三卫，还有山东济南、东昌十年因灾害而拖欠的赋税。辛丑这一天，宁完我弹劾陈名夏的罪行，经过审讯查实，陈名夏被处决。乙巳这一天，任命王永吉为左都御史。 戊申这一天，皇帝的第三个儿子玄烨出生，他就是后来的圣祖康熙皇帝。同时，任命蒋赫德为国史院大学士。乙卯这一天，将多罗慧哲郡王额尔衮、多罗宣献郡王界堪、多罗通达郡王雅尔哈齐的牌位供奉在太庙。任命孟明辅为兵部尚书。
夏季四月壬戌这一天，贼寇首领曹志攀侵犯饶州，官军成功击败他，曹志攀投降。 庚午这一天，四川的贼寇魏勇侵犯顺庆，官军成功击败他。壬申这一天，发生了地震。官军在崇明击败了故明将领张名振等人的进攻。癸酉这一天，免除了洛南去年三分之一的灾赋。己卯这一天，皇帝驾临南苑，赏赐所经过地区的农民钱财。乙酉这一天，免除了保康等四县去年因遭受贼寇侵害而拖欠的赋税。丁亥这一天，任命王永吉为秘书院大学士，秦世桢为浙江巡抚。戊子这一天，江南的寇贼徐可进、朱元等人投降。
五月壬辰这一天，皇帝回到宫中。甲午这一天，皇帝驾临西苑，赐给大臣们宴席。庚子这一天，任命胡图为议政大臣。甲辰这一天，免除了平凉卫去年因灾害而拖欠的赋税。丙午这一天，起用党崇雅为国史院大学士，任命龚鼎孳为左都御史。丁未这一天，派遣官员审查直省的囚犯。庚戌这一天，免除了兴安、汉阴、平利等州县去年因灾害而拖欠的赋税。辛亥这一天，出现了太白星在白天出现的现象。丙辰这一天，任命杨麒祥为平南将军，驻防杭州。
六月己未朔这一天，黄河在大王庙决堤。丙寅这一天，陕西发生了地震。丁卯这一天，任命朱玛喇为靖南将军，征讨广东的残余寇贼。甲戌这一天，立科尔沁镇国公绰尔济的女儿博尔济锦氏为皇后。庚辰这一天，进行了大赦。
秋季七月戊子朔这一天，封琉球世子尚质为中山王。壬辰这一天，免除了秦州、朝邑、安定的灾赋。戊申这一天，免除了镇原、广宁二县的灾赋。丙辰这一天，任命佟代为浙闽总督。
八月戊午朔这一天，免除了延安府的荒年赋税。己未这一天，官军剿灭了瑞金的残余寇贼，诛杀了伪都督许胜可等人。庚申这一天，废除了直省的恤刑官，命令巡抚审查囚犯。辛酉这一天，免除了真宁县十年的灾赋。壬戌这一天，山东的濮州、阳谷等县发生了有声地震。甲戌这一天，任命张中元为江宁巡抚。丙子这一天，任命张秉贞为兵部尚书。庚辰这一天，任命傅以渐为秘书院大学士，任濬为刑部尚书。壬午这一天，故明乐安王朱议淜因谋反被处决。
九月己丑这一天，范文程因病离职。免除了西安、平凉、凤翔三府十年因灾害而拖欠的赋税。庚寅这一天，封线国安为三等伯。壬辰这一天，重申了隐匿逃人的禁令。癸巳这一天，免除了宣府、万全右卫的灾赋。丙申这一天，任命董天机为直隶巡抚。壬子这一天，任命冯圣兆为延绥巡抚。
冬季十月丁巳朔这一天，举行了太庙祭祀。辛未这一天，免除了庐、凤、淮、扬四府，徐、滁、和三州的灾赋。丁丑这一天，命令重刑犯的判决由三法司提出，并令议政王、贝勒、大臣们详细审议。壬午这一天，赈济了京畿地区受水灾的州县，并免除了祁阳等七县的拖欠赋税。李定国攻陷了高明，围困了新会，耿继茂请求增援。
十一月丁亥这一天，任命陈泰为吏部尚书，阿尔津为正蓝旗满洲固山额真。尚可喜派遣其子入朝侍奉。壬寅这一天，皇帝下诏说：“朕继承大统已有十一年，但治理效果尚未达到理想，边疆多事，水旱灾害频发，地震也屡次发生，这都是朕德行不足所致。朕以微薄之身托付于王公臣庶之上，政教不修，创伤未愈，而内外章奏，却常以‘圣’ 字相称，这是加重朕的不德。朕正内心自省，大小臣工也应恪守职事，共同消除灾患。今后凡章奏文移，不得称‘圣’。大赦天下，希望一切都能重新开始。”癸卯这一天，皇帝驾临南苑。甲辰这一天，耿继茂也派遣其子入朝侍奉。
十二月辛酉这一天，和硕承泽亲王硕塞去世。戊辰这一天，免除了荆门、钟祥等六州县的灾赋。己巳这一天，免除了磁、祥符等三十六州县的灾赋。壬申这一天，任命济度为定远大将军，征讨郑成功。尚可喜、耿继茂、朱玛喇在新会击败了李定国，李定国逃走。乙亥这一天，郑成功攻陷了漳州，围困了泉州。丁丑这一天，命令明安达礼征讨罗刹。同时，免除了西安五卫的荒年赋税。江西的贼寇霍武等人率众投降。
在这一年，朝鲜、琉球、厄鲁特部的阿巴赖诺颜、诺门汗、额尔德尼达云绰尔济，索伦部的索朗噶达尔汉，汤古忒部的达赖喇嘛、谛巴班禅胡土克图都前来进贡。
十二年春季正月戊子这一天，官军在玉版巢击败了贼军，又攻击藤县的贼军，成功击溃了他们。庚寅这一天，免除了东平、济阳等十八州县上一年的灾赋。 乙未这一天，免除了直隶八府，河南彰德、卫辉、怀庆上一年的灾赋。戊戌这一天，皇帝下诏说：“自朕亲政以来，已经过去五年了。朕焦心劳思，以求国家安定，每日都期望各位大臣提出好的建议，以纠正朕的不足。然而边疆未靖，水旱灾害频发，吏治腐败，民生困苦，而关于保邦制治的要领却未曾听闻。 诸王大臣都亲眼目睹了祖宗创业的艰难，难道没有长策，却没有人直接陈述得失吗？难道是朕没有听取意见，还是虚心纳谏有所不足呢？天下之大，事务繁多，责任全在一人身上，却缺少得力的辅佐。朕虽不德，难道不怀念祖宗的恩泽吗？希望各位能抒发忠诚，以慰藉朕的心怀。”辛丑这一天，任命韩岱为吏部尚书，伊尔德、阿喇善为都统。癸卯这一天，任命于时跃为广西巡抚。甲辰这一天，命令在京七品以上的官员，在外的文官知府、武官副将以上的官员，各自列举职责以及兵民的疾苦，直言无隐。辛亥这一天，开始修订顺治大训。
二月庚申这一天，再次派遣御史巡按直省。壬戌这一天，大学士吕宫因病离职。癸亥这一天，免除了成安等六县上一年的灾赋。己巳这一天，赈济了旗丁。免除了平凉、汉阴二县上一年的灾赋。丙子这一天，封博穆博果尔为和硕襄亲王。免除了滨、宁阳等二十一州县上一年的灾赋。己卯这一天，免除了滁、和二州上一年的灾赋。庚辰这一天，任命陈之遴为弘文院大学士，王永吉为国史院大学士。癸未这一天，耿继茂、尚可喜在兴业击败了李定国。广东的高、雷、廉三府，广西的横州也平定了。
三月戊子这一天，免除了湖广石门县上一年的灾赋。 任命戴明说为户部尚书。庚子这一天，任命佟国器为南赣巡抚，宜永贵为福建巡抚。壬寅这一天，免除了郧阳、襄阳二府上一年因寇乱而导致的灾赋。甲辰这一天，根据考试成绩，赐予图尔宸、史大成等人进士及第或出身等不同的荣誉。丁未这一天，削去了续顺公沈永忠的爵位。壬子这一天，皇帝下谕说：“自明末以来，国家扰乱，战乱频繁，学问之道，被忽视不讲。如今天下渐定，朕将振兴文教，崇尚儒术，以开创太平盛世。直省学臣，应当训导士子，博通古今，明体达用。各位大臣在政事之余，也应当留心学问，协助朕实施文治。”癸丑这一天，设立了日讲官。