在秋天的七月庚子这一天，郑锦的将领刘国轩从惠州出发，攻打东莞，但尚之信大败了他们。敌军将领陈琏因此投降了惠州。甲辰日，皇帝在便殿召见大学士等人，赐给他们座位，与他们讨论经史，并谈到了前代朋党的弊端，告诫大家要警惕。任命明珠和觉罗勒德洪为大学士。
八月丁未，明朝宗室朱统锠起兵并占领了贵溪、泸溪。 己未日，皇帝亲自主持经筵。丙寅日，册封贵妃钮祜禄氏为皇后，佟佳氏为贵妃。戊辰日，傅弘烈等人收复了梧州。
九月丙子，皇帝命令宗室公温齐和提督周卜世前往湖广协助剿灭敌军。癸未日，命令额驸华善率领军队增援简亲王军，科尔科代则接替驻守江宁。丁亥日，皇帝离开京师，前往孝陵祭拜，并巡视边境。丙申日，皇帝驻扎在喀拉河屯。庚子日，驻扎在达希喀布秦昂阿，近边的蒙古敖汉部札穆苏等人前来朝见，并献上驼马，皇帝赐给他们金币。吴三桂的将领胡国柱、马宝攻打韶州，但被将军莽依图和额楚夹击击败，敌军逃跑，追击 至乐昌，并收复了仁化。
十月的甲辰日，皇帝到达汤泉。癸丑日，返回皇宫。傅弘烈在昭平击败吴世琮，收复了浔州。福建按察使吴兴祚在光泽击败朱统锠，其党羽抓住朱统锠投降。癸亥日，开始设立南书房，任命侍讲学士张英和中书高士奇进入其中。
十一月己卯日，吴三桂的将领韩大任攻陷万安，但护军统领哈克山击败了他。庚子日，皇帝封长白山神，并派遣官员进行望祭。这个月，官兵收复了茶陵、攸县。
十二月的乙巳日，海盗侵犯泉州，提督段应举等人防御他们。辛亥日，海盗侵犯钦州，游击刘士贵击败了他们。皇帝命令参赞勒贝和将军额楚进攻郴州、永州。己巳日，任命冯苏为刑部侍郎。辛酉日，金星在白天出现。辛未日，进行太庙的合祭。
这一年，免除了直隶、江南、江西、陕西、湖广等省七十州县的灾害赋税，有不同程度的减免。朝鲜也向朝廷进贡。
十七年戊午的春天正月己丑日，副都统哈当和总兵许贞在宁都击击韩大任，大任逃到汀州，然后到康亲王军前投降，皇帝命令将他押送到京师。壬辰日，任命郭四海为左都御史。乙未日，皇帝下诏说：“一个朝代的兴起，必然有博学鸿儒来振兴文化，阐发经史，以备皇帝咨询。我万机之余，想要得到博通之士，以资助典学。如果有学行兼优、文词卓越的人，不论是否已经做官，中外臣工各自举荐自己所知的人，我将亲自考试。”于是大学士李霨等人推荐了曹溶等七十一人，皇帝命令他们到京城集合听候旨意。
二月的甲辰日，傅弘烈上疏说吴三桂的军队侵犯广西，皇帝下诏命令额楚、勒贝守梧州。己未日，皇帝亲自主持经筵，并制定了四书讲疏义序。丁卯日，皇后钮祜禄氏去世，谥号为孝昭皇后。辛未日，莽依图与吴世琮在平乐交战，失利后退守梧州。皇帝命令尚之信和都统马九玉会师守梧州。
三月丙子日，湖广的官兵攻击了杨来嘉和洪福，并击败了他们，收复了房县。丁丑日，海盗侵犯了石门，但黄芳世成功击退了他们。癸巳日，祖泽清再次叛变，响应吴三桂。
闰三月癸卯日，皇帝巡视近畿地区。乙丑日，皇帝命令内大臣喀代和尚书马喇前往科尔沁四十九旗主持盟会。 丁卯日，吴三桂的将领林兴珠到安亲王军前投降，皇帝下诏封他为建义侯，并命他随军剿灭贼寇。同时，逮捕并审讯了副都统甘度海、阿进泰，因为他们在江西剿灭贼寇时失去了战机。
四月庚午日，海盗蔡寅攻陷了平和，进而逼近潮州。甲戌日，祖泽清侵犯电白，但尚之信和额楚击退了他，泽清逃走。庚寅日，庆阳的土贼袁本秀作乱，官兵出击并斩杀了他。
五月庚子日，是五月的第一天，海澄公黄芳世在军中去世，皇帝命令他的弟弟黄芳泰继承爵位。戊申日，福建总督郎廷相、巡抚杨熙、提督段应举都被免职，任命姚启圣为福建总督，吴兴祚为福建巡抚，杨捷为福建水陆提督。甲寅日，皇帝到西郊观看庄稼。额鲁特部的济农被噶尔丹逼迫，进入边境，但被张勇驱逐了出去。
六月壬申日，尚善派遣林兴珠在君山击败了吴三桂的水军。丁亥日，因为盛夏天气极度干旱，皇帝亲自到天坛祈雨。这一天，天降大雨。壬辰日，吴三桂的军队侵犯永兴，都统伯宜理布和统领哈克山与他们交战，战败牺牲。海盗侵犯廉州，总兵班绍明等人将他们击退。吴三桂的军队又侵犯郴州，副都统硕岱与他们交战，不利，逃往永兴。丁酉日，皇帝下诏说：“自从军事行动开始以来，将士们身披铠甲，手持武器，在酷暑和严寒中，忍受着极大的劳苦，朕深感痛惜。命令兵部检查军中有负债的将士，由官府代为偿还，战死的和受伤的将士要抚恤他们的家属。”
七月，郑锦攻陷了海澄，前锋统领希佛、副都统穆赫林、提督段应举战死。甲辰日，郑锦侵犯泉州。甲寅日，任命安珠护为奉天将军。壬戌日，任命魏象枢为左都御史。丙寅日，召翰林院学士陈廷敬、侍读学士叶方蔼进入南书房任职。这个月，吴三桂在衡州称帝。
八月己卯日，安远靖寇大将军、贝勒尚善在军中去世，皇帝命令贝勒察尼代替他的职务。庚午日，西洋国王阿丰肃的使臣进贡。癸未日，皇帝主持经筵，并将自己的诗集赐给陈廷敬等人。乙未日，吴三桂去世，永兴的围攻被解除。同时，颁布并实施了康熙永年历。丙申日，皇帝下诏说：“逆贼作乱，现在终于遭受了天谴。被牵连的人，应该从宽处理。 如果有悔悟并归顺的人，都不再追究。”
九月，皇帝奉太皇太后到汤泉巡游，并前往孝陵晋谒。姚启圣和拉哈达在蜈蚣山大败海盗，刘国轩逃走，泉州的围攻被解除。
十月癸未日，皇帝巡视近边地区，驻扎在滦河，检阅了三屯营的军队。己丑日，将军鄂内在石口击败了吴应麒。丁酉日，皇四子胤禛出生，他就是后来的世宗皇帝，他的母亲是吴雅氏。
十一月己亥日，拉哈达上疏说海贼切断了江东桥，增援泉州的军队难以进入。在籍的侍读学士李光地为大军担任向导，修通了险路，接济了军需，请求给予奖励。 皇帝下旨说：“李光地在变乱之初就秘密上疏报告了军事情报。现在又迎接大军，备办粮米，非常可嘉。即升任他为学士。”辛酉日，皇帝奉太皇太后回宫。癸亥日，命令福建陆路提督杨捷加封为昭武将军，王之鼎为福建水师提督。
十二月丁亥日，额楚、傅弘烈和吴世琮在藤县交战，不利，退守梧州。乙未日，进行了太庙的合祭。
这一年，直隶、江南、江西、湖广等省份的七十多个州县因受灾而获得了不同程度的税赋减免。同时，朝鲜和西洋的国家都向清朝进贡。
康熙十八年己未年的春天正月戊申日，朝廷派遣官员分别前往山东、河南进行赈灾。甲寅日，贝勒察尼率领水军围攻岳州，敌军将领吴应麒逃跑，岳州被收复。 皇帝亲自在午门宣布了这一胜利消息。为了安置投降的将领，朝廷设立了随征总兵官这一职位，但随后又裁撤了。壬戌日，刘国轩进犯长乐，总督姚启圣联合纪尔他布、吴兴祚等人击败了他。甲子日，岳乐收复了长沙。
二月丙寅日，傅弘烈在梧州与吴世琮交战，敌军逃走。 己巳日，朝廷颁布诏书，列举了江西奸民跟随叛逆的罪行，但仍然免除了他们的欠税。甲戌日，顺承郡王勒尔锦率领军队渡过长江，分别收复了松滋、枝江、宜都、澧州等地，叛将洪福率水军投降。戊寅日，简亲王喇布派遣前锋统领希佛收复了衡州，敌军将领吴国贵、夏国相逃走。庚辰日，朝廷下诏命令前线的王和大臣商议进攻云南、贵州的事宜。任命周有德为云贵总督，桑峨为云南提督，赵赖为贵州提督，他们随同王师进攻。同时任命杨雍建为贵州巡抚。癸未日，任命夸紥为蒙古都统。
三月丙申朔日，皇帝在保和殿举行博学鸿词考试，授予彭孙遹等五十人侍读、侍讲、编修 、检讨等官职。开始修纂《明史》，任命学士徐元文、叶方蔼、庶子张玉书为总裁。丁酉日，皇帝前往保定县进行围猎。甲辰日，任命徐治都为湖广提督。将军穆占在永州与吴国贵交战，将其击败，收复了永州、道州、永明。 己酉日，皇帝返回宫中。戊午日，赐予归允肃等一百五十一人进士及第的出身，并根据成绩分别授予不同的官职。庚申日，岳州阵亡的将领的遗体抵达，朝廷派遣侍卫前去迎奠。福建阵亡的将士的遗体抵达时，也进行了同样的仪式。
夏四月丙寅日，任命杨茂勋为四川总督，驻守郧阳。戊辰日，任命万正色为福建水师提督。己卯日，由于旱灾严重，皇帝亲自到天坛祈祷。当天就下起了大雨。莽依图在浔州与吴世琮交战，将其击败并赶走。壬寅日，皇帝出阜成门视察庄稼。
五月庚戌日，刘国轩进犯江东桥，赖塔率军大战并击败了他。
六月辛未日，皇帝下诏说：“在盛世之中，我们应该注重节俭和储备。仓库充足了，礼教才能兴盛，这样水旱灾害才能无虞。近来听说百姓不知道积蓄，一遇到歉收之年，就往往流离失所。因此，我们要倡导节俭以教化百姓，使他们在用餐时也能遵守礼节。这都需要各级官员来负责推行。督抚等官员要选拔好的官吏来教育百姓，以符合朕的意图。”己卯日，任命希佛为蒙古都统。