秋七月甲午日，靳辅上奏报告说，淮扬地区的堤坝工程已经完成，露出了被水淹没的田地，他们招募了百姓来耕种这些田地。丁未日，皇帝亲自探望了纯亲王隆禧的病情，但隆禧还是去世了。乙卯日，额楚在南宁击败了吴世琮，吴世琮逃走。 庚申日，京师发生了地震，皇帝下诏从内库中拨出十万两银子用于赈济灾民，并命令官府修复因地震而损坏的房屋。壬戌日，皇帝召集朝廷大臣，对他们说：“朕自身德行不足，政治未能和谐，导致这次地震示警。我深感惶恐不安，一直在探寻导致这场灾难的原因。是不是因为管理百姓的官员们苛刻剥削以讨好上级？还是大臣们结党营私、引用私人？或者是因为领兵的官员没有禁止烧杀抢掠？还是减免赋税、赈济灾民没有落到实处？或者是审理案件的官员枉法裁判，冤枉了平民？又或者是王公大臣们没有约束好下属，导致他们侵害百姓？只要有其中一项存在，都足以引发灾难。因此，我们必须在大的方面坚持法律，小的方面保持廉洁，政治要公平，诉讼要公正，这样或许能够感动上天，消除灾难。我公开表达我的心意，希望与朝廷内外的大小官员们共同努力。”
八月癸亥朔日，将军穆占收复了新宁。甲子日，傅弘烈收复了柳城、融县。庚辰日，提督赵国祚、将军林兴珠在武冈大败吴国贵，吴国贵阵亡，武冈州被收复。
九月庚戌日，皇帝在天坛为地震祈祷。辛亥日，命令简亲王喇布守卫桂林。甲寅日，金光祖抓获了反叛的将领祖泽清并送到京城，和他的儿子良楩一起被处决。
十月辛未日，皇帝下诏命令将军张勇、王进宝，提督赵良栋、孙思克进军四川。王进宝、赵良栋先行出发。癸未日，王进宝攻克武关，收复了凤县。赵良栋收复了两当。
十一月戊戌日，王进宝击败反叛将领王屏藩，王屏藩逃往广元，汉中被收复。庚子日，赵良栋收复了略阳，进而攻克了阳平关。丁酉日，任命许贞为江西提督。
十二月壬戌日，皇帝任命蔡毓荣为绥远将军，让他进一步平定云南和贵州。将军佛尼勒和吴丹攻克了梁河关，贼将韩晋卿逃走，于是又收复了兴安、平利、紫阳、石泉、汉阴、洵阳、白河以及郧阳的竹山、竹溪等地。丁卯日，皇帝前往南苑。辛未日，皇帝下诏命令安亲王岳乐率领林兴珠的军队班师回朝。壬午日，皇帝授予赵良栋勇略将军的称号。乙丑日，皇帝举行了合祭太庙的仪式。
十九年庚申春正月甲午日，赵良栋收复了龙安府，并进军至绵竹。伪巡抚张文等人投降，于是赵良栋顺利进入成都。皇帝下诏任命赵良栋为云贵总督。同时，王进宝攻克了朝天关，收复了广元，王屏藩自缢身亡，吴之茂被生擒。壬子日，皇帝驾临巩华城，并派遣内大臣前往昭勋公图赖的墓地祭奠。
二月辛酉朔日，皇帝下诏命令吴丹与赵良栋联手进军云南，王进宝镇守四川，勒尔锦负责攻取重庆，徐治都则守卫荆州。乙丑日，佛尼勒收复了顺庆府，潼川、中江、南部、蓬县、广安、西充等县也相继被收复。丁卯日，皇帝下诏命令莽依图督率马九玉、金光祖、高承荫等人进兵云南。己巳日，皇帝前往南苑。丙子日，皇帝进行了大规模的阅兵，并任命于成龙为直隶巡抚。徐治都大败叛将杨来嘉，收复了巫山，并继续向夔州进军。杨茂勋也收复了大昌、大宁。癸未日，万正色在海坛击败了海贼。
三月辛卯日，吴丹收复了重庆，达州、奉乡等州县也都被平定。杨来嘉投降并被送往京城。乙未日，皇帝任命伊辟为云南巡抚。丁酉日，安亲王岳乐率军凯旋，皇帝在芦沟桥迎接并慰劳他们。辛丑日，马承荫诱捕并执行了傅弘烈。在此之前，马雄占据了柳州，死后其子承荫以柳州投降。但到这时，他又反叛，执捕了弘烈并将其送往贵阳，弘烈不屈服，最终被杀。平南将军赖塔收复了铜山，并被命令驻守潮州以防备承荫。万正色在平海岙击败了海贼，并攻克了湄州、南日、崇武等地。朱天贵投降。拉哈达击败了刘国轩，刘国轩逃往厦门。伪将苏堪也投降，协助平定了玉洲、石马、海澄、马州等十九个寨子，并协同吴兴祚攻取了金门。己酉日，察尼攻下了辰龙关，蔡毓荣收复了铜仁。
夏四月庚申朔日，皇帝任命赖塔为满洲都统。癸亥日，穆占、董卫国击败了吴应麒，收复了沅州、靖州，并进一步收复了黎平。丁卯日，皇帝因学士张英等人在内廷供奉，每日提供咨询，而下令对他们进行优待，高士奇、杜讷均被授予翰林官职。己巳日，皇帝命令南书房的翰林们每晚讲解《通鉴》。丙子日，皇帝在天坛祈雨，第二天就下雨了。己卯日，皇帝颁布了《尚书讲义》。王进宝因病返回固原，由其子总兵用予统领军队驻守保宁。庚辰日，宗人府进献了玉牒。
五月壬辰日，皇帝命令甘肃巡抚治理兰州。乙巳日，莽依图与马承荫的军队交战，马承荫再次投降，并被命令押送京师。己酉日，山海关设立关卡收税。
六月甲子日，蔡毓荣收复了思南。丁丑日，皇帝命令五城的粥厂再延长三个月，并派遣了三十名太医官分别治疗饥民和疾病。壬午日，副都统马尔哈齐、营总马顺德因纵兵杀人被定罪。
秋七月甲午日，皇帝停止了捐纳官员的考选科道。对福建总督范承谟、广西巡抚马雄镇进行了表彰和抚恤，赠予了他们官职、谥号和荫庇。乙巳日，任命折尔肯为左都御史。己酉日，解除了顺承郡王勒尔锦大将军的职务，并让他返回京城。
八月戊辰日，皇帝亲自主持经筵（古代帝王为讲论经史而特设的御前讲席）。己巳日，命令赖塔移驻广州，并增派博济军以加强兵力。戊寅日，大学士索额图被免职。壬午日，将军莽依图在军中去世，由勒贝代替他的职位。甲申日，尚之信因为属下王国光举报其罪行而擅自杀了他，皇帝下诏赐死尚之信。尚之信的弟弟尚之节及其党羽李天植，都受到惩罚，他们的家眷被护送回京师。
闰八月乙未日，皇帝命令各将帅善待绿旗军士。壬子日，任命王永誉为广东将军。
九月癸亥日，吴世璠派其将领夏国柱、马宝暗中侵犯四川，谭弘再次反叛响应他们，连续攻陷泸州、永宁，夔州的土匪也响应他们。皇帝命令将军吴丹、噶尔汉，提督范达理、徐治都分路讨伐他们。乙丑日，任命赖塔为平南大将军，率兵进军云南。戊寅日，吴丹收复泸州。
冬天十月，仁怀失守，免去吴丹的职务，由鄂克济哈接管他的军队。戊戌日，任命阿密达为蒙古都统。噶尔汉收复巫山。壬寅日，大将军康亲王杰书凯旋，皇帝亲自到郊外慰劳他。戊申日，彰泰、穆占在镇远击败吴世璠。噶尔汉在铁开峡击败谭弘。这个月，王大臣们商议了因玩忽职守而犯错的王贝勒大臣的罪行。皇帝下旨，勒尔锦被革去王爵，家产被没收。尚善、察尼都被革去贝勒爵位。兰布被革去镇国公爵位。朱满被革去都统职务，被立即处决。其余的人各被剥夺官职、世袭职位，受到鞭打和没收家产的处罚。
十一月丙辰朔日，冬至，皇帝在圜丘祭天。彗星出现，皇帝下诏寻求直言不讳的建议。甲子日，贝子彰泰收复平越，随后进入贵阳。叛军首领吴世璠及吴应麒等人连夜逃走。安顺、石阡、都匀三府都投降了。庚午日，任命达哈里为蒙古都统。丙子日，川北总兵高孟在南溪桥击败彭时亨，收复营山，进而围攻灵鹫寨，斩杀伪将魏卿武。甲申日，提督周卜世收复思南。
十二月壬辰日，任命徐元文为左都御史。甲午日，高孟收复渠县。乙未日，提督桑峨在永宁大败吴世璠，追到铁索桥时，叛军焚烧桥梁逃走。土官龙天佑、沙起龙建造了盘江浮桥以渡过大军。壬寅日，高孟收复广安州。庚戌日，任命郝浴为广西巡抚。癸丑日，举行合祭太庙的仪式。
这一年，直隶、江南、山东、山西、陕西、江西、福建、湖广等省的一百八十六个州县因灾害被免除赋税，数量不等。朝鲜、琉球都向朝廷进贡。
二十年辛酉春正月壬申日，叛将李本深投降，被押送京师。癸酉日，总兵高孟收复达州。甲戌日，将军噶尔汉收复云阳，谭弘死，进而收复忠州、万县、开县。乙亥日，命令侍郎温代治理通州运河。丙子日，将军穆占、提督赵赖击败夏国相等叛军，他们逃走，于是收复平远。辛巳日，增设讲官。皇帝下诏要求法司谨慎用刑。这个月，郑锦去世，其子郑克塽继承了他的部众。
二月己丑日，贝子彰泰的军队到达安南卫，在江西坡击败了贼军将领线緎。贼军摆出象阵进行抵抗。官军分成三队奋勇攻击，大败贼军。贼军逃走，公图、达汉泰追击，再次击败他们，收复了普安州、新兴所。壬辰日，副都统莽奕禄在三山击败了贼军张足法等人。甲午日，皇帝下诏，凡是三藩过去给百姓带来灾难的行为，都要予以清除。并免除了奉天地区的盐税。大将军赖塔的军队到达广西，在黄草坝大败贼军，收复了安笼，进入了曲靖。高孟在东乡恢复了势力，并在月城寨击败了彭时亨。戊戌日，增加了钦天监满监副一名。都统希福、马缉、硕塔收复了马龙州、杨林城，进入了嵩明州，贼军逃走。穆占收复了黔西、大定，斩杀了伪将张维坚。乙巳日，贝子彰泰、大将军赖塔、将军蔡毓荣先后进入了云南。贼军将领胡国柄、刘起龙前来迎战，官军分别击败了他们，斩杀了胡国柄、刘起龙。辛亥日，皇帝拜谒了孝陵。
三月甲辰日，宣威将军鄂克济哈因失去对建昌的援助而自责。皇帝下诏让觉罗纪哈里代替他。辛酉日，葬仁孝皇后、孝昭皇后于昌瑞山陵。皇帝下诏，在行宫批阅章奏，让大学士进行审校。壬戌日，胡国柱侵犯建昌，将军佛尼勒将其击退，收复了马湖。癸亥日，马宝放弃了遵义，侵犯泸州、叙州。皇帝下诏让佛尼勒、赵良栋迅速攻击云南的贼军，不要让他们回援。丙寅日，追赠福建因公殉职的运使高天爵、知府张瑞午等官职和荫庇。戊辰日，土官陆道清以永宁投降。癸酉日，皇帝陪同太皇太后前往遵化汤泉。
四月初一甲辰日，王用予收复了纳溪、江安、仁怀、合江。己酉日，贝子彰泰派遣使者进行招抚，武定、大理、临安、永顺、姚安等地都投降了。壬子日，皇帝陪同太皇太后返回皇宫。
五月癸丑日，提督周卜世攻取了遵义，伪官金仕俊等人投降，收复了真安州、仁怀、桐梓、绥阳等县。己未日，派遣官员察看蒙古苏尼特等旗的旱灾情况。乙丑日，皇帝下诏，对于曾经陷落在贼军中的州县官员，不要选入科道。辛巳日，大将军贝子彰泰报告说已经抵达云南省城，伪将李发美以鹤庆、丽江二府投降。
六月戊子日，免除了山西、陕西的房号银。
七月丁巳日，任命礼部尚书郭四海兼管刑部。庚申日，皇帝下诏，四川的民田如果被士兵侵占，要查明并归还给百姓。辛酉日，都统希福、提督桑峨在乌木山击败了马宝，马宝投降，被押送到京师处决。乙丑日，赵良栋派遣总兵李芳述击败了胡国柱，收复了建昌，进入了云南。戊辰日，皇帝下诏让图海率领王辅臣返回京城。壬申日，在瀛台赐宴，员外郎以上的官员都参加了，并赐予了彩币。己卯日，任命施琅为福建水师提督，规划攻取台湾，改任万正色为陆路提督。
八月辛巳日，出现了日食。乙巳日，皇帝亲临经筵。
九月辛亥日，皇帝巡视京城周边地区。原平南王尚可喜的丧事消息传到通州，皇帝赐给白银八千两，并派遣官员前去祭奠。戊午日，皇帝到达雄县，召见了知州吴鉴，询问浑河水泛滥导致居民受灾的情况。丙寅日，皇帝返回京城。皇帝下诏，停止本年的秋决。壬申日，恢复了运丁工银。