二十五年丙寅春季正月丙申，皇帝命令马喇去监督黑龙江的屯田工作。这时，鄂罗斯（俄罗斯）又占领了雅克萨，皇帝命令萨布素率领军队去驱逐他们。
二月初七（甲辰），重修的太祖实录完成。初十（丁未），皇帝下诏说：“国家已经平定叛逆，征服了远方的土地，现在应该宣布我们的德意，让他们敬畏并归附。最近看到云南、贵州、四川、广东等地的大官，不善于安抚百姓，反而行为苛刻，贪婪腐败，制造事端，借机邀功。朕想，土司和苗蛮既然已经归顺，他们为什么要反叛呢？为什么总是争斗不宁呢？所以你们要展示诚信，用道德来引导他们，使他们安定，以符合朕安抚远方土地的意愿。”于是停止了四川的木材采运。十二日（己酉），文华殿建成。十五日（壬子），在传心殿祭祀至圣先师孔子。十六日（癸丑），皇帝亲自主持经筵，以津进为领侍卫内大臣。
三月初八（戊午），皇帝命令修建栖流所（供流民居住的地方）。初九（己未），命令纂修一统志（全国的地理志）。十四日（甲戌），任命汤斌为礼部尚书，兼管詹事府。
夏季四月初一（乙酉），皇帝命令阿拉尼前往喀尔喀七旗主持盟会。初六（庚寅），皇帝下诏说：“赵良栋以前面对逆贼盘踞在汉中的情况，首先进入四川，功绩显着。后来他又领兵直抵云南，攻克省城之后，他能恪守法纪，廉洁自持，这是非常值得赞扬的。现在他已经衰老并解任，应该恢复他勇略将军、兵部尚书、总督的职位，以表示朕对他的眷注。”于是命令郎谈、班达尔沙、马喇前往黑龙江参赞军务。追赠在陕西战死的平逆将军毕力克图、参赞阿尔瑚世职。十九日（甲午），皇帝下诏寻求遗书（古代文献）。二十三日（戊申），调万正色为云南提督，任命张云翼为福建陆路提督。二十六日（辛亥），开始命令顺天等属的旗庄屯丁，进行编查保甲，与民户相同。
闰四月初十（辛未），任命范承勋为云南贵州总督。
五月初八（丁亥），皇帝下诏销毁全国的淫祠（不正当的宗教建筑）。
六月初四（乙亥），皇帝记录平南大将军赖塔、都统赵赖等人的功绩，分别赐予他们世袭的官职，但具体等级有所不同。初七（戊寅），任命阿兰泰为左都御史。
秋季七月己酉日，朝廷赐予荷兰国王耀汉连氏甘勃氏丝绸和白金，并命令其使臣携带书信给鄂罗斯（俄罗斯）。吏部上奏建议侍读、庶子及以下官职中学问不足的人，可以外调为同知或运判。皇帝同意了这一建议。辛亥日，皇帝巡幸塞外。
八月辛未日，皇帝驻跸在乌尔格苏台。丙子日，皇帝返回京城。任命索额图为领侍卫内大臣。丁丑日，皇帝下诏命令萨布素围攻雅克萨城，并阻止其援军，同时任命博定为参军事。戊辰日，下诏全国学府要崇祀先儒。庚辰日，皇帝下诏增加孔林地面积十一顷有余，这是根据衍圣公孔毓埏的请求而做的，同时免除了该地的赋税。
九月己丑日，任命班达尔沙为蒙古都统。乙巳日，任命图纳为四川陕西总督。丁未日，任命陈廷敬为工部尚书，马齐为山西巡抚。己酉日，鄂罗斯的察汉汗使者前来请求解除对雅克萨的围攻。皇帝同意了这一请求。这个月，内大臣拉笃祜奉旨与罗卜藏济农及噶尔丹划定边界后返回。
冬季十月丙辰日，调任张士甄为礼部尚书，任命胡升猷为刑部尚书。
十一月庚子日，皇帝前往孝陵拜谒。赏赐在浙江、福建征战的蒙古喀喇沁兵有功者。
十二月癸丑日，皇帝返回宫中。丙辰日，命令侍郎萨海督察凤凰城的屯田工作。癸亥日，皇帝谕示：“纠仪御史纠察时必须以严格的态度，即使是我本人有不敬之处，也应当举报。”戊寅日，举行太庙的合祭仪式。
这一年，免除了直隶、江南、浙江、湖广、甘肃等省共二十七个州县因灾害造成的部分或全部赋税。朝鲜、安南、荷兰、吐鲁番等国都向朝廷进贡。
二十六年丁卯春正月戊子日，派遣医官前往治疗雅克萨的军士疾病，同时也为愿意就医的罗刹人治疗。丙申日，蒙古的土谢图汗、车臣汗及济农联名上疏请求皇帝上尊号，但皇帝没有同意。乙巳日，大学士吴正治请求退休，皇帝批准了他的请求。
二月癸丑日，皇帝在卢沟桥进行大阅兵。原任湖广总督蔡毓荣因隐藏吴三桂的孙女为妾，并藏匿逆贼的财物，被减死罪，鞭打一百下，枷号三个月，家产被没收，并且他的儿子被发配到黑龙江。原来负责审理此案的尚书禧佛等人因隐瞒庇护，也被革职或降级。甲寅日，任命余国柱为大学士。庚申日，命令八旗的都统、副都统轮流在紫禁城值班。丁卯日，任命张玉书为刑部尚书。壬申日，户部上奏称浒墅关监督桑额多征了二万一千余两银子。皇帝下旨说：“设立榷关的目的是为了稽查奸细，桑额多收税款，却私自封锁便民桥，以致扰害商民。要严加议处。今后，如果有司榷官额外横征，该部应严加训诫。”
三月己丑日，任命董讷为江南江西总督。癸巳日，任命王鸿绪为左都御史。癸卯日，皇帝在太和门视朝，谕示大学士等详细商议政务的缺失，众人都说没有什么弊端可陈述。皇帝说：“尧、舜的时代，国家昌盛，但尧、舜仍然兢兢业业，不敢说自己已经治理好了，已经安定了。汉文帝也是古代的贤君，但贾谊仍然指陈得失，直言切谏。现在只说君主圣明，臣子贤良，政治没有缺失，难道国家真的就无事可言了吗？大小臣工，各应尽心尽力，把国事当作家事，有所见闻，应当直言不讳。”任命马世济为贵州巡抚。
在夏季的四月某日，皇上对大学士们说：“负责编纂《明史》的各位大臣，是否曾经参考过前明的实录呢？如果不参考实录，又怎能知道史实的真伪呢？《明史》编纂完成后，应当将实录一同保存，让后世有所考证。”丙寅这一天，任命田雯为江苏巡抚。癸酉日，取消了科道官员的侍班。
五月某日，宗人府上奏说平郡王纳尔都打死了无罪的属人，还折伤了他们的手足，请求革去他的爵位并圈禁。但皇上只下旨：“革去爵位，但免于圈禁。”庚辰日，皇上下诏说：“今年夏天，久旱多风，阴阳失调，真是大灾。因此我减少膳食、撤去音乐，斋戒祈祷。虽然下了甘霖，但还不足以滋润大地。这都是我德行不足，不能上达天意。若有政令不便于民的，我将进行更改。罪非常赦不原的，我也将全部赦免。”戊子日，皇上召见陈廷敬、汤斌等十二人，让他们各自以文章应试。皇上说：“我常与熊赐履讲论经史，有疑问必问。接着是张英、陈廷敬等人依次进讲，大有裨益。德格勒常喜欢评论时人的学问，我却不以为然，所以今天召他们来应试，现在果然清楚了。”壬辰日，皇上亲自撰写了周公、孔子、孟子的庙碑文，并亲自书写刻在石碑上。
六月某日，皇上穿着素服步行，到天坛祈雨。当晚，真的下了雨。辛丑日，改在混同江祭祀北海。并任命杨素蕴为安徽巡抚。
秋季七月某日，鄂罗斯（俄罗斯）派使者来议和，皇上命令萨布素退兵。丙午日，户部请求裁减京员的公费，但皇上没有同意。
八月某日，皇上巡幸塞外。癸丑日，在博洛和屯行围打猎。甲戌日，赐给外藩银币。
九月某日，皇上回到京城。辛巳日，于成龙进献嘉禾（象征吉祥的稻谷）。皇上说：“今年夏天干旱，幸好下了雨，但这还不足以称为祥瑞。”壬午日，任命李之芳为大学士。乙未日，调任汤斌为工部尚书，并起用徐元文为左都御史。
冬季十月某日，皇上巡幸畿甸。甲子日，皇上回到申昜春园驻留。
十一月某日，任命李正宗为汉军都统。丙申日，太皇太后身体不适。皇上到慈宁宫侍奉照料。
十二月乙巳日，太皇太后身体不适，皇上亲自撰写祝文，步行到天坛祈祷。癸亥日，任命王永誉为汉军都统。乙丑日，湖广巡抚张被御史陈紫芝弹劾其贪婪，但侍郎色楞额初的调查并不属实。于是，皇上命令于成龙、马齐、开音布前去捉拿张，经过调查后，准备判处他死刑，而陈紫芝则被提升为内官。己巳日，太皇太后去世。皇上痛哭不已，割断辫子，穿上丧服，住在慈宁宫的庐次中。甲戌日除夕，群臣请求皇上回宫，但皇上没有同意。
这一年，皇上免除了直隶、山东、山西、江西等省四个州县的灾年赋税。朝鲜也进贡了贡品。
二十七年戊辰年的春季正月戊子日，皇上居住在乾清门外的左幕次。乙未日，皇上结束了丧期的斋戒。丁酉日，开始听政处理国家事务。
二月壬子日，大学士勒德洪、明珠、余国柱因为罪行被免职，御史李之芳也被罢免，这是因为郭琇上疏弹劾他们。尚书科尔昆、佛伦、熊一潇也都被罢免了官职。甲寅日，任命梁清标、伊桑阿为大学士，李天馥为工部尚书，张玉书为兵部尚书，徐乾学为刑部尚书。同时，也规定了宗室袭封的年限规定。
三月乙亥日，任命马齐为左都御史。辛巳日，皇上召集廷臣及董讷、靳辅、于成龙、佛伦、熊一潇等人商议河务问题。 次日也继续进行了这样的讨论。乙酉日，色楞额因为审理张狱时欺瞒而被判死罪，总督徐国相因为徇私庇护，侍郎王遵训等人因为滥举人才，都被免去了官职。己丑日，任命王新命为河道总督。辛卯日，裁撤了湖广总督的职位。丁酉日，对参与河工事务并互相攻讦的官员进行了处理，董讷、熊一潇、靳辅、慕天颜、孙在丰都被削去了官职，并处罚了赵吉士、陈潢的罪行。己亥日，增加了督捕理事官张鹏翮、兵科给事中陈世安，他们与内大臣索额图一起与鄂罗斯商议并确定了边界。壬寅日，赐给沈廷文等一百四十六人进士及第或出身的荣誉，具体等级有所不同。李光地因为随意推荐德格勒而受到了处理。但皇上下旨说：“李光地之前在台湾战役中有功，所以还是让他继续担任学士。”
夏季四月癸卯日，是初一，出现了日食现象。戊申日，任命傅拉塔为江南江西总督。己酉日，皇上亲自送太皇太后的棺椁到暂安奉殿奉安。之后开始建造陵墓，这被称为昭西陵。回宫到蓟州时，皇上剪去了头发。甲寅日，因为厄鲁特侵犯喀尔喀，皇上派使者去谕告噶尔丹。戊辰日，皇上回到宫中。庚午日，命令侍郎成其范、徐廷玺去查阅河工情况。
五月己卯日，吏部尚书陈廷敬、刑部尚书徐乾学因为疾病而罢官。甲午日，任命纪尔他布为兵部尚书。丙申日，皇上去祭拜暂安奉殿。
六月甲辰日，湖广督标裁兵夏逢龙发动叛乱，占据了武昌，巡抚柯永升投井自杀，署布政使粮道叶映榴在骂贼时遇害。皇上命令瓦岱佩戴振武将军印去讨伐叛军。庚申日，阿喇尼上奏说噶尔丹侵犯了厄尔德尼招，哲卜尊丹巴、土谢图汗都逃跑了。于是发兵防守边境。戊辰日，起用熊赐履为礼部尚书，徐元文为左都御史。任命翁叔元为工部尚书。