九月一日，皇帝决定今年暂停执行死刑。九月五日，皇帝命令理藩院侍郎庆桂进入军机处协助工作。九日，土尔扈特部落的首领渥巴锡等人前来朝见皇帝，皇帝根据他们的身份和地位赏赐了不同的冠服和荣誉。皇帝还命令副将军温福和参赞大臣伍岱前往四川军营，商讨如何进一步进攻。 十五日，皇帝封渥巴锡为乌纳恩素珠克图旧土尔扈特部的卓哩克图汗，策伯克多尔济为乌纳恩素珠克图旧土尔扈特部的布延图亲王，舍楞为青塞特奇勒图新土尔扈特部的弼哩克图郡王，巴木巴尔为毕锡哷勒图郡王，其他人也根据他们的贡献被赐予了不同的爵位。十八日，皇帝回到了避暑山庄。二十一日，皇帝任命文绶为四川总督，勒尔谨为陕西巡抚。同时，永德被调任为广西巡抚，梁国治为湖南巡抚，陈辉祖为湖北巡抚。
十月一日，皇帝任命三宝为山西巡抚。二日，皇帝和皇太后返回京城。皇帝任命舒赫德为伊犁等处的总将军，伊勒图为塔尔巴哈台的参赞大臣，安泰为乌什的参赞大臣。 七日，皇帝宽恕了纪昀的过错，并赏赐他翰林院编修的职位。八日，皇帝和皇太后回到了京城。十二日，高晋等人报告说桃源厅陈家道口的河工已经合龙，皇帝对此表示赞赏。皇帝还命令高晋、裘曰修、杨廷璋去查看南运河的情况。二十日，皇帝召回了杨廷璋，任命他为刑部尚书，同时任命周元理为直隶总督，徐绩为山东巡抚。二十七日，陕甘总督吴达善去世，皇帝调文绶去接替他的职位。
十一月五日，董天弼报告说已经攻取了小金川的牛厂。十二日，皇帝和皇太后在慈宁宫举行了庆典，为皇太后加上了崇庆慈宣康惠敦和裕寿纯禧恭懿安祺的徽号，并颁布了诏书以表达皇恩。皇帝还任命温福为武英殿大学士，兼任兵部尚书，桂林为四川总督。十三日，皇帝调素尔纳为理藩院尚书，任命舒赫德为户部尚书。十七日，是皇太后的万寿圣节，皇帝亲自到寿康宫，率领王大臣们向皇太后行礼祝贺。十八日，董天弼在进攻达木巴宗时失利。二十日，小金川的番兵再次占领了牛厂。
十二月六日，温福报告说已经进驻向阳坪，并攻打了小金川的巴朗拉山碉卡，但没有成功。桂林则报告说已经攻克了小金川的约咱寨。皇帝免去了四川提督董天弼的职务，任命阿桂代理他的职位。七日，皇帝下令减免了甘肃陇西等三十三个州县因水旱雹霜等灾害而拖欠的赋税。八日，因为大金川的首领僧格桑派遣土目到桂林的军营献上礼物，皇帝命令给予赏赐并让他们回去。十一日，温福报告说已经攻克了巴朗拉碉卡。十五日，温福报告说已经进驻日隆宗地方，董天弼也收复了沃克什土司的各个寨子。
三十七年春正月辛丑日，皇帝免除了奉天、锦州二府应征收的米豆。同时，也免除了浙江玉环、海宁两厅县的应征收的银两和谷物。在山西，大同等二府的兵饷米豆谷麦也被免除，太原等十四府州以及归化城各属也被免除了十分之三的税收。壬寅日，皇帝又免除了和林格尔等处及太仆寺牧厂地亩应征收的银两，以及清水河厅应征收的银两和太仆寺牧厂地亩的米豆的十分之三。癸卯日，刑部尚书杨廷璋去世，皇帝任命崔应阶为刑部尚书，嘉谟署理漕运总督。乙巳日，温福奏报攻克了小金川的曾头沟、卡丫碉卡。丁未日，桂林奏报攻克了郭松、甲木等碉卡。庚戌日，皇帝任命恒禄为内大臣。癸丑日，开始建设乌鲁木齐城，并派遣军队驻扎在那里进行屯田。癸亥日，皇帝命令尚书裘曰修协同直隶总督周元理治理永定河和北运河。
二月丁卯日，皇帝任命阿桂为四川军营的参赞大臣。甲戌日，皇帝到盘山巡游。丙戌日，皇帝返回京城，并前往圆明园。丁亥日，皇帝任命色布腾巴勒珠尔为四川军营的参赞大臣。乙未日，皇帝免除了陕西西安等十二府州上年应征收的租粮。
三月丙申朔日，皇帝免除了江苏金坛等十一州县从六年至十年的欠税。戊戌日，皇帝任命索诺木策凌为乌鲁木齐的参赞大臣，德云为领队大臣，并命令他们受伊犁将军的节制。 乙巳日，皇帝任命丰升额为四川军营的参赞大臣。己酉日，河南罗山县在籍的知县查世柱因藏匿《明史辑要》被判处斩首。壬子日，桂林奏报攻克了大金川所占的革布什咱土司的木巴拉等地。乙卯日，温福奏报攻克了小金川的资哩碉寨。 丁巳日，桂林奏报攻克了吉地官寨。温福也奏报攻克了小金川的阿克木雅寨。桂林再次奏报攻克了革布什咱土司的党哩等寨，以及小金川紥哇窠崖下的碉卡。
夏季四月丙寅朔日，桂林奏报攻克了小金川的阿仰东山梁等寨。同时，皇帝赦免了甘肃历年民众所欠的仓粮，总计三百七十六万石有余。壬申日，桂林奏报完全收复了革布什咱土司的领地，并攻克了小金川的格乌等地。皇帝下诏命令温福和桂林继续进攻索诺木。乙亥日，任命李湖为云南巡抚，图思德为贵州巡抚。壬午日，皇帝将安西道改为巴里坤屯田粮务兵备道，甘肃道改为安肃兵备道，凉庄道改为甘凉兵备道，并裁撤了乌鲁木齐的粮道。庚寅日，皇帝赐给金榜等一百六十二人进士及第或出身，并根据他们的表现给予不同的待遇。甲午日，桂林在攻打小金川达乌东岸山梁时失利。
五月乙未朔日，因为温福弹劾色布腾巴勒珠尔贻误军务，皇帝剥夺了他的爵位和职务。丙申日，皇帝免除了直隶沧州等十五州县厅历年所欠的赋税。丁酉日，任命舒赫德为领侍卫内大臣。皇帝命令福隆安前往四川查办阿尔泰弹劾桂林乖张捏饰一案。同时，任命讬庸暂兼管兵部尚书，索尔讷代理工部尚书。壬寅日，命令户部侍郎福康安在军机处工作。癸卯日，命令海兰察等人前往四川西路军营，鄂兰等人前往四川南路军营。同时，调容保为绥远城将军。桂林因隐匿战况不利而被革职查问。 皇帝任命阿尔泰代理四川总督。己未日，皇帝奉皇太后到避暑山庄避暑。甲子日，湖广总督富明安去世，任命海明为湖广总督，海成为江西巡抚。并免除了直隶大兴等十五州县的部分赋税。
六月乙丑朔日，皇帝奉皇太后驻在避暑山庄。温福等人攻克了小金川的东玛寨。皇帝下诏命令阿桂督促上中下杂谷及绰斯甲布各土司进攻金川。丁丑日，免除了甘肃皋兰等二十五厅县因旱灾所应缴纳的赋税。辛巳日，盛京将军恒禄去世，调增海代之。任命傅玉为黑龙江将军。甲申日，调文绶为四川总督，海明为陕甘总督，勒尔谨代理此职。同时，命令阿尔泰代理湖广总督。丙戌日，阿尔泰被罢免，调海明为湖广总督。勒尔谨代理陕甘总督，调富勒浑为陕西巡抚。皇帝命令仓场侍郎刘秉恬前往四川西路军营督饷。辛卯日，湖广总督海明去世，富勒浑代之，陈辉祖暂代此职。并任命巴延三为陕西巡抚。
秋季七月乙未日，皇帝命令刑部侍郎鄂宝前往四川南路军营督运军饷，并授予勒尔谨陕甘总督的职务。
八月己巳日，阿桂奏报已经攻克小金川的甲尔木山梁碉卡。皇帝因此授予阿桂内大臣的职位，并赏给布拉克底土司安多尔“恭顺”的名号，巴旺土妇伽让“恭懿”的名号。壬申日，温福等人奏报小金川的敌人袭击了玛尔迪克的运粮路线，但海兰察等人成功击败了他们。己丑日，小金川的叛乱分子攻击了坝官寨，阿桂派遣董天弼前往援助。
九月壬寅日，温福奏报他们的军队已经前进到木兰坝，但敌人破坏了南北两山的碉卡，聚集在路顶宗山梁防守。皇帝下诏要求他们严防后路。阿桂奏报绰斯甲布土司已经分兵进攻勒乌围。皇帝随后送皇太后回宫。戊申日，皇帝也从避暑山庄返回。甲寅日，皇帝奏报皇太后已经回到京师。
冬季十月壬申日，董天弼奏报攻克了穆阳冈等地的关卡。壬午日，阿桂奏报已经攻克小金川的甲尔木山梁。
十一月乙未日，温福等人奏报攻克了路顶宗及喀木色尔的碉寨。丙申日，皇帝免除了四川乐山等九州县因三十五年坍废的盐井应缴纳的赋税。辛丑日，广州将军秦璜因纳仆妇为妾，被剥夺职务并逮捕审讯。同时，设立了凉州副都统，并裁撤了西安副都统。丙午日，温福等人奏报攻克了博尔根山等地的碉寨。戊申日，阿桂奏报攻克了翁古尔垄等城寨。己酉日，皇帝命令富勒浑前往四川，同时让陈辉祖兼任湖广总督。癸丑日，阿桂奏报攻克了得里等地的碉寨。丁巳日，阿桂奏报攻克了邦甲、拉宗等地，拉约各寨的番人投降。
十二月癸亥日，阿桂奏报攻克了僧格宗的碉寨。癸酉日，皇帝任命温福为定边将军，阿桂、丰升额为副将军，舒常、海兰察、哈国兴为参赞大臣，福康安为领队大臣，复兴等为温福一路的领队大臣，兴兆等为阿桂一路的领队大臣，董天弼等为丰升额一路的领队大臣。同时，赏给绰斯甲布土司工噶诺尔布“尊追归丹”的名号。丙子日，温福奏报攻克了明郭宗等地的碉卡。丁丑日，阿桂奏报攻克了美诺的碉寨。庚辰日，温福奏报彭鲁尔等寨的番人已经归附。辛巳日，温福等人奏报攻克了布朗郭宗、底木达的碉寨，泽旺投降，僧格桑逃往金川。乙酉日，秦璜因贪污被判处斩刑。丙戌日，皇帝任命萨载为江苏巡抚。丁亥日，文绶因袒护徇私被剥夺职务，皇帝命令刘秉恬为四川总督，并继续督运军饷，富勒浑则代理这一职务。