三十八年春季正月壬辰日，皇帝召永德进京，同时调熊学鹏为广西巡抚，三宝为浙江巡抚。鄂宝仍旧被任命为山西巡抚。由于小金川的平定，皇帝决定缓征四川官兵经过的成都等五十一厅州县的三十八年应缴赋税，以及分派运送粮食的温江等九十厅州县在三十七年蠲免后剩余的赋税。对于番民的赋税和贡品，也一并缓征。温福等人继续进攻金川，分别从喀尔萨尔、喀拉依、绰斯甲布三条路进军。甲辰日，哈萨克的博罗特使臣入京朝见。由于阿尔泰贪污，皇帝赐他自尽。戊午日，皇帝调永贵代理户部尚书，同时任命阿桂为礼部尚书。
二月庚申日，皇帝下诏命令温福等人发出命令，要求索诺木擒拿并献上僧格桑。
三月庚寅日，发生了日食现象。壬辰日，皇帝前往泰陵祭拜。同时，他陪同皇太后巡幸天津，并免除了经过的地方以及天津府属本年应缴的钱粮的十分之三。癸巳日，皇帝视察了永定河堤。丁酉日，皇帝再次谒见泰陵。戊戌日，皇帝命令简亲王丰讷亨陪同皇太后从申昜春园启程，并免除了跸路经过的宛平等二十州县以及天津府属各州县从三十三年到三十六年的欠缴赋税。己亥日，免除了直隶从三十三年到三十五年的欠缴赋税。庚子日，皇帝视察了淀河。乙巳日，皇帝陪同皇太后在天津驻跸。己酉日，皇帝陪同皇太后回京。同时免除了通州、宝坻等九州县在三十六年的欠缴赋税。壬子日，皇帝再次视察永定河。丙辰日，皇帝陪同皇太后回到京师。
闰三月己巳日，皇帝任命紥拉丰阿为御前大臣。同时命令刘统勋等人担任办理四库全书的总裁。乙酉日，任命素尔讷代理工部尚书。
夏季四月戊戌日，任命绰克托为乌什参赞大臣。庚戌日，命令索琳以代理礼部侍郎的身份在军机处任职。辛亥日，任命庆桂为理藩院侍郎、副都统，并担任伊犁参赞大臣。丙辰日，皇帝下诏命令高晋赈济清河等州县以及大河、长淮二卫遭受水灾的灾民。戊午日，加封大学士温福、户部尚书舒赫德、工部尚书福隆安为太子太保，礼部尚书王际华、工部尚书裘曰修为太子少傅，礼部尚书阿桂、代理兵部尚书丰升额、直隶总督周元理、闽浙总督钟音、四川总督刘秉恬为太子少保。
五月辛酉日，工部尚书裘曰修去世，由嵇璜接替他的职位。丙寅日，皇帝陪同皇太后启程，免除了经过地方本年应缴钱粮的十分之三。壬申日，皇帝陪同皇太后驻跸在避暑山庄。乙亥日，盛京将军增海去世，调弘晌代替他的职位。丁丑日，改乌鲁木齐参赞大臣为都统，任命索诺木策凌为都统，但仍需听从伊犁将军的节制。己卯日，猛遮的土目叭立斋等人归附朝廷。癸未日，皇帝召车布登紥布进京，并任命拉旺多尔济代理乌里雅苏台将军。乙巳日，阿桂等人奏报金川的番贼攻陷了喇嘛寺的粮台，并占领了底木达、布朗郭宗。己酉日，鄂宝奏报金川的番贼占领了大板昭。壬子日，定边将军温福、四川提督马全、代理贵州提督牛天畀在木果木战败，都牺牲了。癸丑日，皇帝任命阿桂为定边将军，并追赠温福为一等伯。小金川的首领僧格桑的父亲泽旺被处死。大学士刘纶去世。甲寅日，皇帝任命富勒浑为四川总督，起用文绶为湖广总督。丙辰日，阿桂奏报已经剿灭了小金川的番贼，并摧毁了所有的碉寨，皇帝对此表示赞赏。
秋季七月戊午日，皇帝召舒赫德进京，任命伊勒图为伊犁将军，庆桂为塔尔巴哈台参赞大臣。己未日，金川的番贼攻陷了美诺、明郭宗，海兰察退守日隆。皇帝下诏命令阿桂从章谷退兵，丰升额退驻巴拉朗等地。癸亥日，皇帝任命富德为参赞大臣前往军营，并命令阿桂撤回噶尔拉的军队。甲子日，皇帝任命舒赫德为武英殿大学士。同时，将阿桂调为户部尚书，永贵为礼部尚书。丙寅日，齐齐哈尔发生了蝗灾。丁卯日，由于温福的失误导致战败，他被革去一等伯爵的爵位，但仍给予恤典。同时，刘秉恬的职务也被革除。皇帝命令商议恤赏在木果木阵亡的提督马全、牛天畀，副都统巴朗、阿尔素纳，总兵张大经以及各文武官员。丙戌日，皇帝下诏命令阿桂首先收复小金川，并分三路进剿。
八月戊子日，皇帝任命阿桂为定西将军。同时，任命于敏中为文华殿大学士，舒赫德掌管刑部，刘统勋专管吏部。己丑日，皇帝任命程景伊为协办大学士。并调王际华为户部尚书，蔡新为礼部尚书，嵇璜为兵部尚书。任命阎循琦为工部尚书。戊戌日，皇帝任命明亮为定边右副将军，富德为参赞大臣。壬寅日，皇帝前往木兰围场进行狩猎。
九月壬戌日，皇帝将海兰察降职为领队大臣。甲子日，皇帝回到避暑山庄。戊辰日，皇帝送皇太后回京。己巳日，索诺木带着僧格桑回到了大金川，并派他的哥哥冈达克前往美诺。皇帝下诏命令阿桂趁机收复失地。同时，皇帝同意了户部提出的开设金川军需捐例的请求。壬申日，皇帝从避暑山庄返回京城。甲戌日，皇帝任命多敏为科布多参赞大臣，车木楚克紥布为乌里雅苏台参赞大臣。戊寅日，皇帝陪同皇太后返回京城。庚辰日，吏部尚书讬庸退休，皇帝调官保为吏部尚书。同时，任命英廉为刑部尚书，并继续兼任户部侍郎。
冬季十月乙巳日，和硕諴亲王允秘去世。己酉日，皇帝剥夺了车布登紥布定边左副将军的职位，但仍保留他的亲王头衔，任命瑚图灵阿代替他的职位。
十一月丁卯日，阿桂等人奏报进攻小金川，攻克了资哩山梁等地，收复了沃克什官寨。戊辰日，皇帝命令福禄前往西宁办事，并召伍弥泰回京。己巳日，阿桂等人奏报已经克复美诺，皇帝命令他们继续进攻金川。辛未日，军机大臣、大学士刘统勋去世，皇帝亲自前往赐奠，并追赠他为太傅。壬申日，皇帝召梁国治来京，让他在军机处行走。同时，调巴延三为湖南巡抚，任命毕沅为陕西巡抚。癸酉日，明亮等人奏报已经克复僧格宗等碉寨。
十二月癸巳日，皇帝任命彰宝为云贵总督。辛丑日，皇帝任命李侍尧为武英殿大学士，并继续管理两广总督事务。
这一年，朝鲜和安南都向朝廷进贡。
三十九年春季正月丙子日，皇帝任命姚立德为河东河道总督。丁丑日，阿桂等人攻克了赞巴拉克等山梁。
二月甲申日，皇帝命令丰升额等人协助阿桂进攻勒乌围。丁亥日，明亮等人奏报已经攻克木溪等山梁。戊戌日，丰升额等人攻克了莫尔敏山梁。乙巳日，皇帝蠲免了江苏山阳等十州县卫因三十八年水灾而欠缴的赋税，具体数额有所不同。丁未日，皇帝前往东陵，并巡视盘山。庚戌日，皇帝谒拜了昭西陵、孝陵、孝东陵、景陵，并在孝贤皇后陵前奠酒。同时，前往已故大学士公傅恒的墓地赐奠。辛亥日，皇帝驻跸在盘山。
三月庚申日，阿桂等人攻克了罗博瓦山梁，皇帝因此加封阿桂为太子太保，并任命海兰察为内大臣，额森特为散秩大臣。甲子日，皇帝到南苑进行围猎。辛未日，阿桂等人攻克了得斯东寨。庚辰日，明亮等人攻克了喀咱普等地，皇帝嘉奖了他们并进行了赏赐。
夏季四月乙酉日，顺天大兴等州县发生了蝗灾。辛亥日，因为京城及近畿地方出现旱灾，皇帝命令刑部清理庶狱，减轻军流以下罪犯的刑罚，直隶地区也如此办理。戊戌日，因为御史李漱芳弹劾福隆安家人滋事，皇帝赞赏了他，并给予奖励。
五月癸丑日，皇帝命令刑部减轻秋审、朝审中缓决一二次以上的罪犯的刑罚。丙寅日，彰宝因病离职，由图思德暂代云贵总督。戊辰日，皇帝陪同皇太后到木兰进行秋狝。甲戌日，皇帝陪同皇太后驻跸在避暑山庄。
六月癸卯日，阿桂等人奏报攻克了穆尔浑图碉卡。
秋季七月甲寅日，阿桂等人攻克了色淜普山碉卡。己未日，阿桂等人攻克了喇穆喇穆山等碉卡。壬戌日，阿桂等人攻克了日则雅口等处的寺庙碉卡。乙丑日，乌鲁木齐的额鲁特部发生了蝗灾。庚午日，明亮等人攻克了达尔图山梁碉卡。甲戌日，因为于敏中没有上奏太监高云从嘱托公事的事情，皇帝下令严加审议。同时，任命阿思哈为左都御史。乙亥日，皇帝命令阿思哈在军机处行走。太监高云从被处斩。辛巳日，阿桂等人攻克了格鲁瓦觉等处的碉寨。
八月壬午日，发生了日食现象。壬辰日，富德等人攻克了穆当噶尔、羊圈等处的碉卡。丁酉日，皇帝到木兰进行围猎。癸卯日，金川的头人绰窝斯甲投降，并献上了贼首僧格桑的尸体。
九月乙卯日，山东寿张县的奸民王伦等人图谋叛乱，皇帝命令山东巡抚徐绩前去剿捕。丁巳日，皇帝命令大学士舒赫德前往江南，与高晋一同堵塞决口。戊午日，皇帝回到避暑山庄，并命令舒赫德先前往山东剿捕王伦。庚申日，皇帝命令额驸拉旺多尔济、左都御史阿思哈带领侍卫章京及健锐、火器二营的士兵前往山东与王伦交战。辛酉日，王伦包围了临清，屯兵在闸口。壬戌日，皇帝送皇太后回京。癸亥日，因为天津府七个县发生旱灾，皇帝命令从通仓拨出十万石粮食用于赈灾。丙寅日，皇帝从避暑山庄返回京城。丁卯日，山东兖州镇总兵惟一、德州城守尉格图肯因临阵退避被处斩。庚午日，因为江苏山阳等四个县发生水灾，皇帝命令免除这些县明年的赋税。壬申日，皇帝陪同皇太后返回京城。丙子日，山东临清的叛乱被平定，王伦自焚身亡。