在冬十月的第一天辛巳，杨景素被任命为山东巡抚。壬辰日，朝廷免除了临清新城本年未完成的定额赋税，并免除了旧城未完成的定额赋税的十分之五。丙午日，徐绩被任命为河南巡抚。
十一月癸丑日，明亮等人攻克了日旁等碉寨。甲寅日，舒赫德被任命为御前大臣。阿桂等人攻克了日尔巴当噶碉寨。因此，阿桂被任命为御前大臣，海兰察被任命为御前侍卫。丙辰日，因为四川成都等一百四十府厅州县需要行军运粮，所以免除了他们历年来的部分或全部定额赋税。戊辰日，阿桂攻克了格鲁古丫口等处的碉寨。
这一年，朝鲜和琉球都派来了贡品。
四十年春天的正月甲戌日，阿桂等人攻克了康尔萨山梁。
二月己卯日，阿桂等人攻克了甲尔纳等处的碉寨。丙戌日，阿桂攻克了克斯莫思达碉寨。癸巳日，李瀚被任命为云南巡抚。
三月辛亥日，皇帝去了盘山。甲寅日，皇帝在盘山驻跸。朝廷免除了江南句容等十九州县，以及淮安、大河二卫在三十九年因水旱灾害未完成的定额赋税。壬申日，又免除了长芦所属的沧州等六州县、严镇等六场，以及河南信阳等五州县在三十五年因旱灾未完成的定额赋税。
夏季四月戊寅日，朝廷免除了安徽合肥等十四州县、庐州等四卫在三十九年因旱灾未完成的定额赋税。丙戌日，四川军营的参赞大臣、领侍卫内大臣、和硕亲王、固伦额驸色布腾巴勒珠尔去世。己丑日，朝廷任命明山为乌里雅苏台参赞大臣。壬寅日，皇帝赐予吴锡龄等一百五十八人进士及第或出身，各有差别。癸卯日，阿桂等人攻克了木思工噶克丫口等处的城碉。明亮等人攻克了甲索、宜喜。乙巳日，明亮等人攻克了达尔图等处的碉寨。明亮和福康安被任命为内大臣。
五月己酉日，朝廷免除了直隶霸州、保定等三十九州县在三十九年因旱灾未完成的定额赋税。甲寅日，阿桂等人奏报攻克了巴木通等处的碉卡。丁巳日，明亮奏报攻克了茹寨、甲索等处的碉卡。戊辰日，阿桂等人奏报攻克了噶尔丹等碉寨。壬申日，皇帝去了木兰，并奉皇太后驻跸在汤山行宫。明亮等人奏报攻克了巴舍什等处的碉寨。乙亥日，阿桂等人奏报攻克了逊克尔宗等处的碉寨。朝廷加封定边右副将军、果毅公丰升额为果毅继勇公。
六月的第一天丁丑，朝廷免除了湖北汉阳等十五州县、武昌等六卫一所在三十九年因旱灾未完成的定额赋税。戊寅日，皇帝驻跸在避暑山庄。癸未日，皇帝到广仁岭万寿亭迎接皇太后，并一同驻跸在避暑山庄。壬辰日，丰升额被任命为兵部尚书。丙申日，领队大臣额尔特被褫职并逮捕审理。庚子日，朝廷设立了管理乌鲁木齐额鲁特部落的领队大臣，全简担任此职。
秋季七月的壬戌日，阿桂等人奏报攻克了昆色尔等处的山梁碉寨。丁卯日，阿桂等人攻克了章噶等碉寨。额洛木寨的头人革什甲木参等人率众投降。庚午日，朝廷免除了甘肃皋兰等七厅州县在三十九年因水灾和旱灾未完成的定额赋税。阿桂等人攻克了直古脑一带的碉寨。
八月的第一天丙子，发生了日食。丁丑日，阿桂等人攻克了隆斯得寨。明亮等人攻克了紥乌古山梁。己卯日，因为霸州等三十余州县遭受水灾，朝廷从直隶藩库中拨出五十万两银子进行赈灾。辛卯日，皇帝去木兰围场行围打猎。己亥日，阿桂等人奏报攻克了勒乌围，并继续进攻噶喇依贼寨。皇帝命令对将军阿桂、副将军丰升额、参赞大臣海兰察、额森特等人进行优叙，表彰他们的功劳。辛丑日，召舒赫德前往热河行在。癸卯日，皇帝封罗卜藏锡喇布为贝子。 乙巳日，皇帝命令侍郎袁守侗等人前往贵州，审理知府苏墧举报总督、藩司、臬司袒护同知席缵一案。
九月庚戌日，朝廷免除了湖北钟祥等十二州县以及武昌等七卫在三十九年因旱灾未完成的定额赋税。癸丑日，皇帝回到避暑山庄驻跸。丁巳日，皇帝送皇太后回銮。辛酉日，因为图思德弹劾苏墧浮收勒索，皇帝命令袁守侗等人严格审讯他。丙寅日，因为明亮请求前往西路而失去战机，皇帝严厉斥责了他，并剥夺了他的广州将军职务。丁卯日，皇帝奉皇太后回到京师。阿桂等人攻克了当噶克底等处的碉寨。
冬季十月的己卯日，皇帝召回了驻藏办事的伍弥泰，让留保住代替他。己丑日，因为霸州等六州县受灾较重，皇帝命令在闰十月进行放赈。庚寅日，朝廷免除了甘肃皋兰等十七州县厅因水灾、雹灾和霜灾未完成的定额赋税。壬辰日，皇帝回到宫中。丙申日，朝廷调任裴宗锡为贵州巡抚，命令袁守侗暂时署理，图思德署理云南巡抚，李质颖为安徽巡抚。
闰十月的壬子日，苏墧因为侵吞税款和诬告他人，被处以斩刑。壬戌日，明亮等人奏报攻克了紥乌古山梁。甲子日，阿桂等人奏报攻克了西里山黄草坪等处的碉卡，总兵曹顺战死。皇帝命令袁守侗前往四川，与阿扬阿一同审理冀国勋一案。同时，再次封庆恒为克勤郡王。壬申日，明亮等人攻克了耳得谷寨。
十一月，明亮等人攻克了甲索等处的碉卡。乙酉日，福禄因为立塔尔一案未能审理清楚，被革职，并戍守伊犁。己丑日，阿桂攻克了西里第二山峰，并继续进围鸦玛朋寨落。壬辰日，明亮等人奏报攻克了克尔甲尔古等处的碉卡。壬寅日，阿桂等人奏报攻克了舍勒固租鲁、科思果木、阿尔古等处的碉寨。
十二月的甲辰日，发生了日食。丁未日，工部尚书阎循琦去世，朝廷调任嵇璜为工部尚书，蔡新为兵部尚书，曹秀先为礼部尚书。阿桂等人攻克了萨尔歪等寨落。丙辰日，朝廷任命阿桂为镶黄旗领侍卫内大臣。同时，调任熊学鹏为广东巡抚，吴虎炳为广西巡抚。甲子日，明亮等人从达撒谷进兵，连续攻克了险要的山梁以及沿河的格尔则寨落。丙寅日，阿桂等人攻克了格隆古等处的寨落。庚午日，阿桂等人从索隆古进据噶占山梁，直接捣毁了噶喇依。其头人色木里雍中及布笼普阿纳木来投降。壬申日，明亮等人攻克了甲杂等隘口，以及后路的巴布里、日盖古洛，进抵独松隘口，与阿桂会师共同捣毁了噶喇依。其头人达固拉得尔瓦等人也来投降。
四十一年春天的正月癸酉日，是新年的第一天，富德攻克了噶咱普德尔窝、马尔邦等地的碉卡。明亮等人也攻克了独松等地的碉卡。甲戌日，定郡王绵德因为与礼部司员结交而被削去爵位，命令绵恩承袭他的爵位。阿桂攻克了喇乌喇等地的碉卡以及舍齐等寺庙。己卯日，阿桂率领军队进围噶喇依，索诺木的母亲及其姑姊妹都出来投降。皇帝命令封阿桂为一等诚谋英勇公，并赐予他四团龙补服和金黄带。同时，对果毅继勇公丰升额加赏一等子。明亮被封为一等襄勇伯，海兰察被封为一等超勇侯，额森特被封为一等男，和隆武被封为三等果勇侯，福康安、普尔普被封为三等男。奎林也被加赏为一等男。丰升额、明亮、海兰察、奎林、和隆武各自被赐予双眼花翎，赏给于敏中一等轻车都尉的荣誉，这些荣誉都可以世袭。阿桂请求将投降的民众安置在绰斯甲布十二土司的地方，皇帝同意了。壬午日，皇帝赏给阿桂紫缰。甲申日，调任明善为科布多参赞大臣，任命法福里为乌里雅苏台参赞大臣。己丑日，吏部尚书、协办大学士官保因病请求退休，皇帝同意了。于是任命阿桂为吏部尚书、协办大学士。同时，调任丰升额为户部尚书，福隆安为兵部尚书，绰克托为工部尚书。庚寅日，嘉谟被调任为仓场侍郎。命令阿思哈代理漕运总督，永贵代理吏部尚书，英廉代理户部尚书。
二月己酉日，任命文绶为四川总督，调任富勒浑为湖广总督。庚戌日，皇帝命令今后在社稷坛祭祀时，如果遇到风雨天气，就在殿内举行祭祀。同时，蠲免了江苏上元等三十九州县、镇江等五卫因为四十年旱灾所欠的赋税。辛亥日，皇帝前往东陵谒拜。因为同时谒拜了两座陵墓并巡幸了山东，所以免除了经过的州县本年应交的赋税的三分之一。甲寅日，皇帝谒拜了昭西陵、孝陵、孝东陵、景陵，并到孝贤皇后陵前祭奠。阿桂等人奏报索诺木等人已经投降，并被槛送到京师，两金川地区平定。乙卯日，命令永贵回任礼部尚书，并继续兼任吏部事务。丙辰日，命令绘制平定金川前后五十位功臣的画像，并悬挂于紫光阁。同时，命令新设的将军驻守雅州，四川提督桂林驻守金川。丁巳日，皇帝返回京师。戊午日，皇帝前往泰陵谒拜。命令袁守侗前往四川，会同阿桂查办参赞大臣富德。壬戌日，皇帝再次前往泰陵谒拜。设立云南腾越镇总兵官。丁卯日，皇帝奉皇太后巡幸山东。己巳日，免除了顺天直隶通州等二十八州县未完成的地粮仓谷。庚午日，停止了湖北的勘丈湖地的工作。同时，免除了直隶霸州等二十一州县未完成的地粮仓谷。辛未日，减轻了直隶军流以下人员的犯罪处罚。